• 转移灶,原发灶,cfDNA的外显子测序得到的突变点的关系


    文章名称:Exome Sequencing of Cell-Free DNA from Metastatic Cancer Patients IdentifiesClinically Actionable Mutations Distinct from Primary Disease。

    目的:1.验证cfDNA的结果和转移灶和原发灶的一致性,即可以用cfDNA的结果对肿瘤的进展做一个评估。

              2.提出ctDNA的突变频率和转移灶有很大相关性,而和原发灶的相关性很低。

    做法:对两名转移灶的病人进行原发灶,转移灶,cfDNA进行全外显子测序,看看生信分析后的突变点的重叠情况和突变频率的相关性。

    组织突变点保留标准:

    1.不在dbSNP数据库中,除非该突变点也在cosmic数据库中

    2.深度大于30,突变频率大于10%

    3.突变至少有2个reads

    cfDNA突变点保留标准:

    1.不在dbSNP数据库中,除非该突变点也在cosmic数据库中

    2.深度大于30,突变频率大于1.5%

    3.突变至少有2个reads

    结果:

    病人一:

    原发灶发现48个somatic variant,在cfDNA中发现了其中的47个。

    在cfDNA中还发现了15个独有的突变点,红色的是经过了ION TORRENT PGM验证

    虽然原发灶和cfDNA的突变点有很大的重叠,但是其突变频率的相关性很低:

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