OpenPBS 脚本

http://www.mdbbs.org/thread-8835-1-1.html

作业提交系统Torque个人安装总结(PBS)

PBS是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。 PBS的目前包括openPBS，PBS Pro和Torque三个主要分支。 其中OpenPBS是最早的PBS系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro是PBS的商业版本，功能最为丰富。Torque是Clustering公司接过了OpenPBS，并给与后续支持的一个开源版本。
下面是本人安装torque的过程。
一、Torque安装
在master（管理结点上）
1、解压安装包
[root@master tmp]# tar zxvf torque-2.3.0.tar.gz

2、进入到解压后的文件夹
./configure --with-default-server=master
make
make install
3、
（1）[root@master torque-2.3.0]#./torque.setup <user>
<user>必须是个普通用户

（2）[root@master torque-2.3.0]#make packages
把产生的 tpackages , torque-package-clients-linux-x86-64.sh,
torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。

（3）[root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install
[root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install

（4）编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes （需要自己建立）
     加入如下内容

master  np=4

node01 np=4

........

node09 np=4


（5）启动pbs_server,pbs_sched,pbs_mom,并把其写到/etc/rc.local里使其能开机自启动。

（6）创建队列
[root@master ~]# qmgr
create queue students
set queue students queue_type = Execution
set queue students Priority = 40
set queue students resources_max.cput = 96:00:00
set queue students resources_min.cput = 00:00:01
set queue students resources_default.cput = 96:00:00
set queue students enabled = True
set queue students started = True

4、在node0x （x=1-9,计算结点上）
[root@node0x torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install
[root@node0x torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install
然后启动pbs_mom ,把pbs_mom写入/etc/rc.local


二、Torque PBS使用
1、创建用户
   在master的root下
   useradd test

passwd test
   输入test密码


到/var/yp下make一下
2、配置普通用户的ssh
   su test

cd

ssh-keygen -t dsa

cd .ssh

cat id_pub.dsa >>authorized_keys

chmod 600 authorized_keys
3、编写作业脚本
[test1@master t]vi pbsjob
#!/bin/tcsh
#PBS -o /home/test1/pbstest/t/output 标准输出文件
#PBS -e /home/test1/pbstest/t/error 错误输出文件
#PBS -l nodes=5:ppn=4 规定使用的节点数以及每个节点能跑多少核
#PBS –q students 把任务提交到students队列中
cd $PBS_O_WORKDIR 到工作目录下（此为PBS提供的环境变量）
mpirun –machine $PBS_NODEFILE -np 20 ./vasp

4、启动mpd
mpdboot -n 10 -f mfa

mfa内容：
master:4
node01:4
….
node09:4

5、提交，查询，删除作业

提交作业：qsub pbsjob
作业提交后会有一个作业号
[test1@master pbstest]$ qsub pbsjob
48.master

查询作业：qstat
[test1@master pbstest]$ qstat
Job id                               Name                User            Time Use  S        Queue
------------------------- ---------------- --------------- --------  - -------------------------------
48.master                         pbstest               test1            00:00:00   R        students

删除作业：qdel 作业号
[test1@master pbstest]$ qdel 48