1.在Eclipse中修改Android应用程序包名时，需要修改的几个地方(按照修改顺序)：
1）右键创建应用程序时src中自动添加的主包名，即与配置文件中包名相同的那个包，refactor->rename,注意勾选rename subpackages ,或者快捷键alt+shift+r
2）在配置文件AdroidManifest中修改直接修改package标签，或者右键项目名->Android Tools->rename application package
3）这一步很重要，修改gen文件夹下包含R文件的包名，按照第一步的方法，修改为新的包名，如果这一步没有做的话，项目中之前有import R文件的地方就不会自动修改
4）最后Project ->Clean项目，勾上Build Automatically，重新生成，即可
需要注意的两点：
1.使用Project的Clean时，Build Automatically如果勾上，当程序只有与R文件有关的错误时（可以在window中->show view->problems中查看），程序才会自动Build,重新生成R文件，但是有其他错误，请先将其他错误解决，Build Automatically才会成功，这就是为什么有些时候使用Clean后没有重新生成R文件的原因。所以建议在修改第一步之前把Build Automatically前面的勾去掉，等所有修改完后再Clean项目，重新生成
2.如果在重命名主包名时eclipse出现Some characters cannot be mapped using "GBK" character encoding类似的错误提示，原因是当前程序中存在与workspace默认编码格式不一致的文件，先在菜单->Window->Preferences->General->WorkSpace中查看默认编码格式（默认都是GBK,建议改为UTF-8），然后打开菜单->Window->Preferences->General->Content Types->Text->Java Properties File设置Default encoding,把ISO-8859-1改为UTF-8 然后update,即可解决
总结：以上是综合了网上很多个方案以及自己亲身试验的结果，很多时候都在盲目的寻找答案，不去思考为什么？导致一些简单的问题都要困扰自己很久，所以遇到问题前要多思考，多分析，减少自己在解决问题上走的弯路