R语言版本的bedtools--bedtoolsr

bedtools是一款非常强大的用于处理bed，vcf，gff等格式数据的工具，该软件由犹他大学的Quinlan实验室开发。但是目前bedtools主要提供的是在linux，unxi等操作系统环境下的“命令行”运行方式，然而，对于想要使用R语言进行bedtools命令操作的科研人员来说就显得比较麻烦。今天，我就给大家介绍一款由北卡罗来纳大学教堂山分校开发的R语言版本的bedtools--bedtoolsr。话不多说，直接上干货。

• 安装bedtoolsr

 install.packages("devtools")
 devtools::install_github("PhanstielLab/bedtoolsr") # 首次使用需要安装

• 加载bedtoolsr

library(bedtoolsr)

• 生成测试数据

A.bed <- data.frame(chr = c("chr1", "chr1", "chr3"), start = c(10, 100, 50), end = c(40, 150, 110))
B.bed <- data.frame(chr = c("chr1", "chr5"), start = c(20, 60), end = c(35, 80))
print(A.bed)
#   chr start end
#1 chr1    10  40
#2 chr1   100 150
#3 chr3    50 110
print(B.bed)
#   chr start end
#1 chr1    20  35
#2 chr5    60  80

• 调用方法，这里主要介绍两种。bedtoolsr的函数跟bedtools的方法几乎是一一对应的。甚至函数名，参数名几乎都一样。因此，可以即便是新手，也可以快速入手bedtoolsr。下面以intersect方法为例，讲解调用方法。

#调用方法一
bt.intersect(a = A.bed, b = B.bed)
#output
#    V1 V2 V3
#1 chr1 20 35

#调用方法二
bedtoolsr::bt.intersect(a = A.bed, b = B.bed)
#output
#    V1 V2 V3
#1 chr1 20 35

#intersect所有参数
#       a,
#       b,
#       wa = NULL,
#       wb = NULL,
#       loj = NULL,
#       wo = NULL,
#       wao = NULL,
#       u = NULL,
#       c = NULL,
#       C = NULL,
#       v = NULL,
#       ubam = NULL,
#       s = NULL,
#       S = NULL,
#       f = NULL,
#       F = NULL,
#       r = NULL,
#       e = NULL,
#       split = NULL,
#       g = NULL,
#       nonamecheck = NULL,
#       sorted = NULL,
#       names = NULL,
#       filenames = NULL,
#       sortout = NULL,
#       bed = NULL,
#       header = NULL,
#       nobuf = NULL,
#       iobuf = NULL,
#       output = NULL

• bedtoolsr中所有的函数

函数名	函数名	函数名
bt.annotate	bt.bamtobed	bt.bamtofastq
bt.bed12tobed6	bt.bedpetobam	bt.bedtobam
bt.closest	bt.cluster	bt.closest
bt.cluster	bt.complement	bt.coverage
bt.expand	bt.fisher	bt.flank
bt.genomecov	bt.getfasta	bt.groupby
bt.igv	bt.intersect	bt.jaccard
bt.links	bt.makewindows	bt.map
bt.maskfasta	bt.merge	bt.multicov
bt.multiinter	bt.nuc	bt.overlap
bt.pairtobed	bt.pairtopair	bt.random
bt.reldist	bt.sample	bt.shift
bt.shuffle	bt.slop	bt.sort
bt.spacing	bt.split	bt.subtract
bt.summary	bt.tag	bt.unionbedg
bt.window