这个要严谨一点,众所周知,小鼠是小写,人是大写,以前为了方便都是直接一个toupper函数完成转换,但这样做实在是太粗糙了,大概有三分之一的基因会丢失。
我简单统计了一下:
人鼠同源的有23242个基因注释,其中有7695个基因是无法简单对应的,所以你之前的分析会漏掉很多基因。
建议使用ensembl_gene_id来做index,然后map,这样才是生信该有的严谨!!!
终于花了一整天来搞human和mouse的gene id,以后的分析就相对严谨了。
参考:project/iterbi/iterbi/notebooks/1.prepare_commonly_used_data.ipynb
biomaRt也算是稍微玩明白了,这个网页版的服务器直接崩溃,也没人来维护了。
用代码的话,如何选服务器(mirror和url)才是核心,否则代码根本无法运行。
其他的代码就比较简单。
ensembl ftp里的数据注释不好,根本不知道下什么,该改进一下了。
待续~