https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/index.php
这部分主要学习如何限制键长键角二面角。
施加限制的prod.in文件如下：
hold-npt
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
nstlim=50000000,
dt=0.002,ntc=2,ntf=2,
cut=10.0,
ntpr=1, ntwx=1,ntwr=50000,
ntt=3, gamma_ln=2.0,
temp0=300.0,
ntp=2, ntb=2,
ioutfm=1,ntxo=1,
iwrap=1,
ig=-1
nmropt=1
/
&wt type='END' /
LISTOUT=POUT # Getting summaries of NMR violations：在prod.out文件的最后输出 the remaining restraint violations，一般好像没啥用。。。
DISANG=fe.RST
fe.RST文件内容如下：
# Harmonic restraints for the restrained nonbonded model of 7DDQ,# 我这里要限制的是25456 和44926两原子的距离
&rst iat=25456,44926, r1=0., r2=3.464, r3=3.464, r4=100., rk2=580.2, rk3=580.2,/