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一般来说，对存储卡和逻辑加密卡操作，使用接触式IC卡通用读写器；对CPU卡使用CPU卡读写器。所谓“通用读卡器”是指它可以对大多数流行的存储卡和逻辑加密卡操作。而CPU卡由于有ISO/IEC 7816.3/4的规范，其通讯协议、命令格式都是兼容的，被看作是一种卡。当然，也有将“通用读卡器”与CPU读卡器二合一的真正的接触式通用读卡器。
PC端IC卡应用软件编程，要点是了解卡的数据结构和调用读卡器函数。在这方面，非CPU卡与CPU卡有不小差别。
首先，非CPU卡，你必须熟悉卡的存储结构，哪里是制造商区，哪里是密码区，哪里是数据控制区，哪里是数据区（应用区）……；而CPU卡，你不必关心数据的地址，却要关注文件系统的结构：主文件（MF，相当于DOS文件系统的根目录）、专用文件（DF，相当于DOS文件系统的目录，可以有多层）、基本文件（EF，相当于DOS文件系统的文件）。
CPU卡的基本文件类型虽然只有透明（二进制）文件、（定长与不定长）线性记录文件和循环记录文件三类，但由于COS内部控制的需要，派生出一些特定的“变种”——复位应答文件、口令文件、密钥文件、DIR文件、SFI文件……。这些都需要熟悉。
纯粹的存储卡是可以自由读取的；非CPU逻辑加密卡的访问控制，需要掌握特定的卡的口令控制、认证控制、特定的数据控制标志字节和卡的熔丝（一种卡上这些控制不一定都有）。
而CPU卡的访问控制，是在建立文件时定义的，读、写、更改分别是否需要认证，用哪个密钥，是否需要口令，是否需要MAC验证等等。需要说明的是，创建文件命令的格式是随COS而不同的。所以，你必须熟读他的COS手册。
现在说说卡操作。非CPU卡的访问一般是通过调用函数直接完成的，大不了需要熟悉一下调用参数。而CPU卡除了设备命令（测卡、上下电、选卡座等）和卡的复位命令以外，所有卡命令都是通过一个通用的命令函数执行的，所以你需要熟悉COS手册的命令。
COS的卡操作命令有统一的格式：CLA（命令类别Class）、INS（命令指令Instruction）、P1（参数1）、P2（参数2）、Lc（命令数据域Data长度）、Data和Le（应答数据域长度）。命令域中除了Data，都是1字节十六进制数。数据域则是十六进制数串，可以是二进制数、BCD码或文字的ASCII码等等。这有点像汇编语言。调用命令函数时，把命令串代入对应参数即可。