WebService可以说是跨平台的，因为它采用的是XML，说穿了就是把你的请求按照该WebServece的标准将参数传过去，然后服务器返回结果，当然了最重要的是参数的传递和结果的返回都是采用XML格式，但需要按照规范的，现在有SOAP和ebXML，说到XML自然有DTD或是Schema了，它用WSDL和UDDI来管理这些规范。
EJB也可以说成是远程调用，但采用的协议是RIM/IIOP，客户端将方法请求按照协议封装，然后发送到服务器，服务器把结果返回给客户端。由于采用了协议，所以传输的数据我们可以看成二进制数据和WebService（传输xml文本数据）不一样。
我想两者都有相同的地方，但他们的应用领域不一样，可比性也就没有太大意义了。关键是知道他们该用在什么场合。
WebService提供一个跨平台的异构方法调用，一般用来实现某种商务逻辑过程。
EJB提供一个更精确的方法调用，一般又多个EJB来实现一定的商务逻辑。
一般你可以用WebService来提供用户调用，具体怎么实现用EJB来做