VC9编译的程序在没有装过VC9（确切的说是.Net Framework3.5）的机器上运行时，如果提示“由于应用程序配置不正确，应用程序未能启动。重新安装应用程序可能会纠正这个问题。”这个错误，那么就说明该程序动态链接了VC9的运行时库，（如果还用到了MFC，那么可能动态链接了VC9的MFC库，同理还有ATL库），以及缺少对应的manifest文件，程序在目标机器上没有找到这些库和配置文件，因此导致了这个错误。出现这种情况的VC9编译器可能存在多个版本，接下来分别阐明：
1、没有打过任何补丁的VS2008
该版本对应的CRT/MFC/ATL库的版本号为9.0.21022.8，这个版本号在后面会用到。这个版本的程序部署比较简单，直接把VC安装目录下的redist目录（C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\redist）中需要的库以及对应的manifest文件拷贝到执行程序同目录下，这样程序到任何机器上都能够正常运行了。
2、打过SP1补丁的VS2008
打过该补丁后，系统中存在着两个版本的CRT/MFC/ATL库，版本号分别为9.0.21022.8和9.0.30729.1，这导致了manifest文件中记录的版本号和实际库的版本号不一致（程序要求它们的版本号一致才能运行）。这个版本的程序部署需要两个步骤，首先要使manifest文件中依赖项的版本号与实际库的版本号一致，均为9.0.30729.1，方法是在工程设置中增加一个宏定义_BIND_TO_CURRENT_VCLIBS_VERSION，该宏定义于C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\include\crtassem.h文件中，然后重新编译程序。接下来还是将VC安装目录下的redist目录（C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\redist）中需要的库以及对应的manifest文件拷贝到执行程序同目录下，然后修改manifest文件中依赖项的版本号为9.0.21022.8，这样使得程序误以为该目录下库的版本号为9.0.21022.8（实际上是9.0.30729.1版本），这样程序到任何机器上都能够正常运行了。
3、打过SP1补丁与SP1 ATL 安全更新 (KB973675)的VS2008
在SP1补丁之后，微软又于近日发布了一个用于智能设备的 Microsoft Visual Studio 2008 Service Pack 1 ATL 安全更新 (KB973675)， 该补丁又将CRT/MFC/ATL库的版本号升级，为9.0.30729.4148，这次升级比较好，manifest文件与库的版本号一致了，不像SP1一样升级的不彻底。这样只需要在工程设置中增加一个宏定义_BIND_TO_CURRENT_VCLIBS_VERSION，接下来重新编译程序，然后直接把VC安装目录下的redist目录中需要的库以及对应的manifest文件拷贝到执行程序同目录下，这样程序到任何机器上都能够正常运行了。
4、继3之后又打过SP1安全更新(KB2465361)与SP1 Redistributable Package 的安全更新 (KB2467174)的VS2008
这是最新的更新（2011/4/12）。微软于近日针对VS2005/VS2008/VS2010发布了一套用于修复MFC安全漏洞的补丁，对应VS2008的补丁是Microsoft Visual C++ 2008 Service Pack 1 Redistributable Package 的安全更新 (KB2467174)和Microsoft Visual Studio 2008 Service Pack 1 安全更新 (KB2465361)，这样CRT/MFC/ATL库的版本号又升级为9.0.30729.55710。修复方法同第3点。
需要注意的是，安装完补丁后需要rebuild工程，不要忘了先rebuild工程所依赖的lib/dll工程。build完成后可以到中间文件目录（一般是Debug/Release）打开xxx.exe.intermediate.manifest或xxx.dll.intermediate.manifest文件（xxx是你的工程名）查看程序所依赖的CRT/MFC/ATL库的版本号是否是最新的或你期望的，如果出现依赖同一个库的两个版本的情况，那么就说明该工程依赖的某个lib或dll工程还没有重编或没有增加_BIND_TO_CURRENT_VCLIBS_VERSION宏定义；如果同一个库只依赖一个版本，并且该版本号正确，那么恭喜你，你的程序肯定能够运行在所有机器上。
顺便提一下，如果不想在发布程序时带上这些库和manifest文件（如果没有必要的话），那么可以采用静态编译CRT和MFC，然后把manifest文件添加到资源中，这样编译出的程序只要一个exe就可以在任何机器上直接运行了。
参考文章：
1、“应用程序配置不正确，程序无法启动”的解决方法资料收集：http://hi.baidu.com/fairysky/blog/item/e7a8366dbaa735f3431694c8.html