中国生物信息学云论坛第十一场报告会成功举行
2020年11月21日，中国生物信息学云论坛（第十一场）报告会成功举行。本次论坛邀请到美国费城儿童医院、宾夕法尼亚大学的邢毅教授和华中农业大学信息学院的李国亮教授。报告会采用腾讯会议（主会场）和虎牙直播（分会场）的方式同步进行，腾讯主会场听众近200人。中国生物信息学学会（筹）负责人孙之荣教授（清华大学）对本次论坛致开幕词。中国科学院上海营养与健康研究所王泽峰研究员、杨力研究员，北京大学生命科学学院李程教授，中国科学院北京基因组研究所张治华研究员担任论坛的特邀嘉宾，湖北省生物信息学会名誉理事长、华中科技大学物理学院肖奕教授，理事长、华中农业大学信息学院张红雨教授担任主持人。
本次报告会是中国生物信息学云论坛的第十一讲，由中国生物信息学学会（筹）主办，湖北省生物信息学会协办，旨在促进生物信息学相关研究人员间的交流，推动中国生物信息学的学科发展。论坛每双周举办一次，邀请海内外生物信息领域的科研人员分享研究成果，研讨前沿问题。
在本次论坛上，邢毅教授做了题为“用生物信息学和新测序技术研究人类转录组变异”的精彩报告。报告内容分为两个部分，包括可变剪接大数据分析和环形RNA全长序列测定方法的构建。在许多癌症类型中，可变剪接会广泛失调，但是在癌症发生发展过程中可变剪接失调的分子机理和生物学意义目前还很不清楚。
邢毅教授介绍了该组构建的、用于绘制癌症发展过程中可变剪接全景图的大数据分析框架PEGASAS，实现了癌基因信号通路驱动的可变剪接事件的计算识别，发现转录因子MYC在前列腺癌发展和转移过程中调控几千个可变外显子。这些受MYC调控的可变剪接事件显著富集于编码剪接调控因子的基因中，从而影响这些基因的RNA和蛋白产物以及全转录组的剪接调控。PEGASAS可用来挖掘大规模癌症转录组数据，从而将不同癌症类型中前体mRNA可变剪接的变化与癌基因信号通路关联起来。环形RNA在近年被发现是人类细胞中一类重要的调控分子。由于传统的短读段的RNA-seq技术难以确定环形RNA的全长序列，因此邢毅教授团队结合滚动循环扩增和长读段纳米孔测序技术，建立了环形RNA全长序列测定方法isoCirc，在12种人类组织和HEK293细胞系中测得107,147个全长环形RNA的异构体，发现环形RNA内部区域广泛存在可变剪接事件，包括在外显子-内含子环形RNA中的720个内含子保留事件。这项工作为环形RNA的研究提供了新的技术和资源。
李国亮教授做了题为“三维基因组学方法开发与应用”的精彩报告。
三维基因组是解析基因组中顺式调控元件的作用机制的利器。基于已有的研究基础，李国亮教授与同济医院的合作者将三维基因组学应用到宫颈癌的研究中，建立了新的数据分析模型，发现原代组织和宫颈癌样本中拓扑相关结构域（TAD）等存在显著变化。进一步研究表明，HPV整合到基因组中之后，改变整合位点附近的三维结构，阻断了增强子对肿瘤抑制基因的调控，从而促进癌基因的表达。与玉米育种专家合作，构建了第一个玉米基因组的高精度三维结构图谱，绘制了全基因组启动子交互图谱，发现了数千个、富集代谢和农艺QTL的远程调控元件，建立了新的染色质相互作用模型，为基因调控提供了新的理论基础。与水稻研究专家合作，系统比较了人类和水稻中增强子-启动子间交互的差别，发现水稻中存在更多的启动子-启动子交互，但没有明确的启动子-增强子交互，而人类基因组中则存在较多的增强子-启动子交互。最后，李国亮教授展望了三维基因组研究的未来与挑战，认为建立单细胞三维基因组学方法、多组学联合分析，以及测序与成像技术的结合是领域面对的重要科学和技术问题，三维基因组的研究需要更好地结合功能验证，并应于不同领域中。
在论坛的交流互动环节，邢毅教授、李国亮与四位特邀嘉宾及现场听众进行了深入的讨论，嘉宾们对两位教授的报告和成果给予了高度的评价。两位教授还在腾讯会议聊天室及时回答了现场听众的提问。