如果你没有修改过MySQL的配置，缺省情况下，wait_timeout的初始值是28800。
wait_timeout 过大有弊端，其体现就是MySQL里大量的SLEEP进程无法及时释放，拖累系统性能，不过也不能把这个指设置的过小，否则你可能会遭遇到“MySQL has gone away”之类的问题，通常来说，我觉得把wait_timeout设置为10是个不错的选择，但某些情况下可能也会出问题，比如说有一个CRON脚本，其中两次SQL查询的间隔时间大于10秒的话，那么这个设置就有问题了（当然，这也不是不能解决的问题，你可以在程序里时不时mysql_ping一下，以便服务器知道你还活着，重新计算wait_timeout时间）：
# vi /etc/my.cnf
[mysqld]
wait_timeout=10
# /etc/init.d/mysql restart
不过这个方法太生硬了，线上服务重启无论如何都应该尽可能避免，看看如何在MySQL命令行里通过SET来设置：
mysql> set global wait_timeout=10;
mysql> show global variables like 'wait_timeout';
+----------------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+----------------------------+-------+
| wait_timeout | 10 |
+----------------------------+-------+
这里一个容易把人搞蒙的地方是如果查询时使用的是show variables的话，会发现设置好像并没有生效，这是因为单纯使用show variables的话就等同于使用的是show session variables，查询的是会话变量，只有使用show global variables，查询的才是全局变量。
网络上很多人都抱怨说他们set global之后使用show variables查询没有发现改变，原因就在于混淆了会话变量和全局变量，如果仅仅想修改会话变量的话，可以使用类似set wait_timeout=10;或者set session wait_timeout=10;这样的语法。
另一个值得注意的是会话变量wait_timeout初始化的问题，这一点在手册里已经明确指出了，我就直接拷贝了：
On thread startup, the session wait_timeout value is initialized from the global wait_timeout value or from the global interactive_timeout value, depending on the type of client (as defined by the CLIENT_INTERACTIVE connect option to mysql_real_connect()).
MySQL大拿Jeremy Zawodny曾在他的文章Fixing Poor MySQL Default Configuration Values里面列出了几个很恶心的MySQL缺省设置，不过没包含wait_timeout，但我觉得它也应该算一个，每次新装MySQL后最好都记得修改它。
参考文章2
睡眠连接过多，会对mysql服务器造成什么影响？
严重消耗mysql服务器资源(主要是cpu, 内存)，并可能导致mysql崩溃。
造成睡眠连接过多的原因？
1. 使用了太多持久连接（个人觉得，在高并发系统中，不适合使用持久连接）
2. 程序中，没有及时关闭mysql连接
3. 数据库查询不够优化，过度耗时。
那么，如果要从根本上解决sleep连接过多，就得从以上三点反复检查，但是见效并不快。
网上有人分享，使用shell脚本配合cron,定期杀死睡眠时间太久的连接，但是这种方法非常不可取，典型的以暴制暴，很可能导致数据崩溃，而且，还需要编写相应shell, 设置cron, 实施成本较繁琐，不推荐使用。
那么更好的办法应该是让mysql自己决定这些睡眠连接的命运，实施会更简单，有效。
mysql的配置文件中，有一项：
wait_timeout, 即可设置睡眠连接超时秒数，如果某个连接超时，会被mysql自然终止，多好的办法！
如设置：
wait_timeout=100 #即设置mysql连接睡眠时间为100秒，任何sleep连接睡眠时间若超过100秒，将会被mysql服务自然终止，要比编写shell脚本更简单。
那么，对于正在运行中的生产服务器，在不能停止服务情况下，修改此项怎么办？很简单，以root用户登录到mysql,执行：
set global wait_timeout=100
即可。
在我的生产环境中，使用这个办法，取得了相当好的效果。
当然，更根本的方法，还是从以上三点排查之：
1. 程序中，不使用持久链接，即使用mysql_connect而不是pconnect。
2. 程序执行完毕，应该显式调用mysql_close
3. 只能逐步分析系统的SQL查询，找到查询过慢的SQL,优化之