JAligner是一个集成多个罚分矩阵的蛋白质序列比对工具包，提供充足的API供开发人员调用。
但是，不可否认的是，它的结构写得不够规范。以前我是将它放在普通的Java项目里使用，没有问题。但是，今天，放在Maven目录里却出现问题，起初还以为是我的多线程或者是Hadoop部分出错，debug后却发现JAligner中的罚分矩阵与java类文件混在一起，并且它的程序通过相对路径的方式调用文本格式存储的罚分矩阵。
如下图这样：
显然，在Maven的结构里就会出现问题，Maven只会编译.java结尾的标准类文件，矩阵文件被忽略。
到此，将矩阵文件放到Maven的resource目录即问题解决。
此例说明，代码要规范啊。。。