2、基因树 与物种树的关系及建树

1、基因树(Gene tree):  当一个分子系统树是根据某一个基因数据构建而来的,称为基因树.

2、物种树(Species tree): 是指代表一组物种进化过程的系统树.

3、基因树与物种树的关系

　　分子系统学的目的,就是通过分子树来推测物种树.在许多情况下这两者是一致的。

　　基因树与物种数的冲突原因：1、随机误差 2、系统误差（不同物种中进化速率存在差异）  3、生物学因素 参考：http://www.docin.com/p-959573225.html

4、建树方法：（参考：https://wenku.baidu.com/view/54bd36d6360cba1aa811dad5.html）

　　4.1 基于距离

　　UPGMA法 (unweighted pair group method using arithmetic average)

　　邻接法NJ法 (neighbor joining method)  即NJ 法

　　4.2 基于特征

　　最大简约法(Maximum Parsimony Method)  即MP法

　　最大似然法(Maximum Likelyhood Method) 即ML法

　　贝叶斯法（bayesian inference ）即 BI 法

5、进化树可靠性评估  

　　5.1 boostraping  method （自展性支持率）

　　对于ML法，自展法太耗费时间；可以用 aLRT检验进化树的可靠性。

　　5.2 posterior probability(后验概率)

6、构建进化树的软件和方法

　　常用软件 参考：https://www.jianshu.com/p/f9dfd9132c3e

　　https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PHYML/interface.html  (phyml)

　　进化树构建流程：获取数据　　>>　　数据矩阵排列　　>>　　进化模型的选择　　>>　　系统发育树的构建　　>> 　　系统发育树的构建