CentOS SEG部署

 

准备工作

• 操作系统（Centos7.6）
• 能够联网下载所需依赖包。
• 使用root用户进行部署
• 此为单节点部署方法，主机即作为主控节点又作为计算节点

部署过程

1. 使用命令修改主机名，这里设置为control

hostnamectl set-hostname control

1. 修改 hosts 文件
   

   命令行输入【vi /etc/hosts】回车，注释（行首增加“#”）或者删除文件中“127.0.0.1”和“::1”这两行的内容；
   增加内容 ip control；例如 192.168.126.1 control

2. 安装 epel 源
   命令行输入【yum -y install epel-release】

yum -y install epel-release

1. 安装依赖库
   命令行输入如下内容

yum -y install jemalloc-devel openssl-devel ncurses-devel pam-devel libXmu-devel hwloc-devel hwloc hwloc-libs java-devel javacc ant-junit libdb-devel motif-devel csh ksh xterm db4-utils perl-XML-Simple perl-Env xrog-x11-fonts-ISO8859-1-100dpi.noarch xrog-x11-fonts-ISO8859-1-75dpi.noarch

1. 添加sgeadmin 用户和组

groupadd -g 490 sgeadmin
useradd -u 495 -g 490 -m -d /home/sgeadmin -s /bin/bash -c "SGE Admin" sgeadmin

1. 添加sudo权限
   命令行输入【 visudo】回车，并在打开的文件最后新增一行添加以下内容：
   【 %sgeadmin ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL】
2. 创建 SGE 安装路径,并下载安装包

mkdir -p /sge/src
cd /sge/src
wget https://arc.liv.ac.uk/downloads/SGE/releases/8.1.9/sge-8.1.9.tar.gz

1. 解压并安装

tar -zxvf sge-8.1.9.tar.gz
cd sge-8.1.9/source/
sh scripts/bootstrap.sh && ./aimk && ./aimk -man #如果报错可以尝试./aimk --no-java

1. 添加 SGE_ROOT 路径，命令行输入【 export SGE_ROOT=/sge/gridengine && mkdir $SGE_ROOT】
2. 开始编译，命令行输入【 echo Y | ./scripts/distinst -local -allall -libs -noexit】

echo Y | ./scripts/distinst -local -allall -libs -noexit

1. 修改文件属组和权限，命令行输入【 chown -R sgeadmin.sgeadmin /sge/gridengine】

chown -R sgeadmin.sgeadmin /sge/gridengine

1. qmaster安装,切换工作目录，命令行输入【cd $SGE_ROOT】执行qmaster 的安装，命令行输入【./install_qmaster】
   a. 安装过程中，提示一些配置项，全部保持默认，回车接受；在执行到” Grid Engine qmaster startup“中会自行启启动 qmaster 的 service，如提示失败，可以重启机器，并切换 root 用户后重新从步骤 a 开始。
   b. 在"Adding Grid Engine hosts"界面中，默认为“n”，回车确认，需要输入对应的 hostname，回车进入下一个节点的 hostname 输入，如果没有， 2次回车确定后，完成配置。
   c. 后续配置页面，保持默认参数，回车接受
2. 完成配置后，需执行如下命令，命令行输入【cp /sge/gridengine/default/common/settings.sh /etc/profile.d/】
3. 切换工作目录，命令行输入【cd $SGE_ROOT】,执行安装，命令行输入【./install_execd】，过程中所有的提示，保持默认参数，回车接受。
4. 资源设置配置
   a. num_proc 修改，命令行输入【qconf -mc】，方向键移动光标之 num_proc行，按” i“修改内容 【num_procp INT <= YES YES 0】； ESC 键推出编辑，按“：”并输入 wq 回车退出保存
   

   b. virtual_free 修改，命令行输入【qconf -mc】，方向键移动光标之 num_proc 行，按” i“修改内容 【virtual_free vf MEMORY <= YES YES 0 0】；ESC 键推出编辑，按“：”并输入wq回车退出保存。

   c. 节点资源修改，命令行输入【qconf -me control】, 表示修改control 节点的资源，回车打开文件中，按“i” 修改 complex_values 内容【complex_values num_proc=40,virtual_free=750G】; ESC键退出编辑，按“：”并输入wq回车退出保存

5. 测试
   
   1. 集群主机列表，命令行输入【qhost】
   2. 投递测试脚本，命令行输入【qsub /sge/gridengine/examples/jobs/simple.sh】，在执行账号的 home 目录下，能看到 simple 开头的 2 分文件， o 便是 output， e 表示 error。