KEGG pathway注释过程

KEGG mapper：

输入：cufdiff生成的差异基因列表（log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01）

目的：在KEGG网站中，利用KEGG mapper工具进行pathway注释。

过程：

1. ID转换：将gene symbol转换为uniprobID

　　方法：利用uniprot网站的工具。网址：https://www.uniprot.org/uploadlists/

　　步骤：

　　　　1）准备gene symbol列。只需这一列即可。

　　　　2）选择“gene name” 转换成“UniProt”。点击submit。

　　　　3）将转换完成的数据，进行筛选（物种：人，鼠；是否reviewed）。下载筛选后的数据。

　　问题：

　　　　1）该网站在我的linux系统上显示错误，有很多按钮无法显示。只能利用其它的window系统实现转换。

　　　　2）该网站不能对4000+个genesymbol进行转换。我输入2950个gene symbol后，第一次转换失败；第二次转换成功。

2.KEGG pathway注释：

　　方法：将uniprot ID输入KEGG mapper的列表中（需添加color列），点击exec。

　　步骤：

　　　　1）网页的“Organism-specific”，需要输入正确。点击旁边的按钮可以查找物种的缩写。（我在此花费了许久）。人：hsa；鼠：mmu

　　　　2）网页的“Optional use of outside ID”，选择UniProt。

　　　　3）点击Exec即可。

 搜索pathway的方法：

在KEGG中，搜索某个pathway的方法：https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html

”Enter keywords “部分输入要搜索的关键字，比如“hippo”；点击Go。即得到搜索的信号通路。

KEGG有各种类型的数据库；