综述文章
标准数据
流程 & 实用工具
HISAT2- StringTie
序列比对
二代
STAR 唯一位置√ 容忍度高
TopHat 不允许soft-clip事件
HISAT2 最快
二三代混合
GMAP、STAR long
Exon-exon junction位点评估
HISAT2在所有样品中拥有最高的剪接点验证率 (80%-91%)，TopHat其次 (54%-74%)，STAR最低 (42%-54%)。但是HISAT2预测的剪接点的数量最少，约为TopHat的60%和STAR的50%。
基于参考基因组的转录组组装
二代
Cufflinks
StringTie
Cufflinks比StringTie更为准确和灵敏
三代
Iso-Seq
二三代混合
IDP
表达定量
StringTie
kallisto
Salmon-SMEM
变异位点
GATK
差异表达基因鉴定
DESeq2在所有组合中表现最佳，sleuth、edgeR和limma略微次之，但差别不大。
对于AUC-30的估计，edgeR表现最佳, DESeq2与之差别不大。
程序
<代码>
<说明>