1.从美国矿物数据库下载矿物CIF(有晶格)
2.晶胞CIF导入MS
3.选择display style中的ball and stick视图
4.手动指定每个原子力场类型
edit-atom selection-按元素选(比如选好H)——先选不用区分类型的元素,再逐一选其他元素
View-Explorers-Properties Explorer-Filter选atom-改Forcefield Type
对于要区分类型的,如ob与oh(与H连),atom selection时一个个按ctrl选择好,再设定forcefield type.
5.加键add bonds。高岭石只算了氢键,故edit-atom selection-选择H,再按下图加键。
6.扩胞
Build-symmetry-supercell
7.File- Export-选择car.cor格式(导出有两个文件)
8.在服务器账号里创建一个文件夹kao(文件夹名称一定要和你导出来的两个文件名字一样,区分大小写),将kao.car和kao.cor放进去
9.将frc_files放在kao文件夹同一级目录
10.进入工作目录kao #msi2lmp.exe在珠海服务器node01已设置好环境变量
cd kao/
msi2lmp.exe kao -class I -frc clayff -ignore > kao.data
生成后kao文件夹会有kao.data生成,可检查一下data力场对不对。
11.生成的data是没有电荷信息的,在in文件中设置,也需要平衡电荷,clayff力场中高岭石正好电中性。