• VMD-水溶液中注入离子


    VMD中默认中性溶液不添加任何离子,故以下操作可加入指定数目的离子。

    1.建水盒子:VMD-Extensions-Modeling-Add Solvation Box     

    2.填写水盒子参数:如下

    3. 加入离子:完成第二步建成水盒子后,会自动生成solvate.pdb 和solvate.psf文件,有三种加离子方式,后文有对应详解。 VMD Main操作:Extensions-Modeling-Add ions

    生成一个ionized.psf的文件,会发现比原来的水盒子少了原子,因为加进去一个离子取代一个水分子,就少两个原子。

    显示离子可以选择残基视图:Graphics-representations-selections-keyword-rename

    可显示数量:如统计钾离子的数量

    set K [atomselect top "rename POT"]

    $K num

     Tk控制台输入方法:

    • 只有指定阳离子浓度或数量时,VMD才添加阳离子和等数量的阴离子:如图

    (1)autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -sc 3.15 -cation POT                 #加入盐浓Neutralize the system and add an additional 3.15mol/L KCl

    (2)autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -nions {{CAL 20} {CLA 30} {POT 10}}       #加入Ca+20个 Cl-30个 K+10个  

    •  以下(3)(4)命令没有输入具体数量,溶液中显示不出来加入离子:

    (3)autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -neutralize    #Neutralize the system with NaCl:

    (4)autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -neutralize -cation MG    #Neutralize the system with MgCl2

    • 上述参数意义:neutralize使中和     ion离子    cation阳离子    aion 阴离子    salt concentration盐浓度
    Usage: autoionize -psf file.psf -pdb file.pdb  [options]
    Ion placement mode (choose one):
      -neutralize              -- only neutralize system
      -sc  -- neutralize and set salt concentration (mol/L)
      -nions {{ion1 num1} {ion2 num2} ...} -- user defined number of ions
    
    Other options:
      -cation     -- default: SOD
      -anion      -- default: CLA
      -o               -- output file prefix (default: ionized)
      -from          -- min. distance from solute (default: 5A)
      -between       -- min. distance between ions (default: 5A)
      -seg            -- specify new segment name (default: ION)
    
    Supported ions (CHARMM force field resnames):
       SOD -- sodium    (Na+)
       MG  -- magnesium (Mg2+)
       POT -- potassium (K+)
       CES -- cesium    (Cs+)
       CAL -- calcium   (Ca2+)
       ZN2 -- zinc      (Zn2+)
       CLA -- chloride  (Cl-)
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