参考文章 ： InnoDB还是MyISAM 再谈MySQL存储引擎的选择 MySQL: InnoDB 还是 MyISAM?
MyISAM:这个是默认类型,它是基于传统的ISAM类型,ISAM是Indexed Sequential Access Method (有索引的顺序访问方法) 的缩写,它是存储记录和文件的标准方法.与其他存储引擎比较,MyISAM具有检查和修复表格的大多数工具. MyISAM表格可以被压缩,而且它们支持全文搜索.它们不是事务安全的,而且也不支持外键。如果事物回滚将造成不完全回滚，不具有原子性。如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择。
InnoDB:这种类型是事务安全的.它与BDB类型具有相同的特性,它们还支持外键.InnoDB表格速度很快.具有比BDB还丰富的特性, 因此如果需要一个事务安全的存储引擎,建议使用它.如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE,出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表,
两种类型最主要的差别就是Innodb 支持事务处理与外键和行级锁.而MyISAM不支持.所以MyISAM往往就容易被人认为只适合在小项目中使用。
如何确定使用哪种类型：
下面先让我们回答一些问题：
- 你的数据库有外键吗？
- 你需要事务支持吗？
- 你需要全文索引吗？
- 你经常使用什么样的查询模式？
- 你的数据有多大？
思考上面这些问题可以让你找到合适的方向，但那并不是绝对的。如果你需要事务处理或是外键，那么InnoDB 可能是比较好的方式。如果你需要全文索引，那么通常来说 MyISAM是好的选择，因为这是系统内建的，然而，我们其实并不会经常地去测试两百万行记录。所以，就算是慢一点，我们可以通过使用Sphinx从InnoDB中获得全文索引。
数据的大小，是一个影响你选择什么样存储引擎的重要因素，大尺寸的数据集趋向于选择InnoDB方式，因为其支持事务处理和故障恢复。数据库的在小决定了故障恢复的时间长短，InnoDB可以利用事务日志进行数据恢复，这会比较快。而MyISAM可能会需要几个小时甚至几天来干这些事，InnoDB只需要几分钟。
您操作数据库表的习惯可能也会是一个对性能影响很大的因素。比如： COUNT() 在 MyISAM 表中会非常快，而在InnoDB 表下可能会很痛苦。而主键查询则在InnoDB下会相当相当的快，但需要小心的是如果我们的主键太长了也会导致性能问题。大批的inserts 语句在MyISAM下会快一些，但是updates 在InnoDB 下会更快一些——尤其在并发量大的时候。
所以，到底你检使用哪一个呢？根据经验来看，如果是一些小型的应用或项目，那么MyISAM 也许会更适合。当然，在大型的环境下使用MyISAM 也会有很大成功的时候，但却不总是这样的。如果你正在计划使用一个超大数据量的项目，而且需要事务处理或外键支持，那么你真的应该直接使用InnoDB方式。但需要记住InnoDB 的表需要更多的内存和存储，转换100GB 的MyISAM 表到InnoDB 表可能会让你有非常坏的体验。