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解决方案一：
1.确定有安装.net framework 1.1，可以查看目录，c:/winnt/microsoft.net/framework重启IIS，重启计算机（常规纠错方法）
2.如果你的Web服务器使用了固定IP：确定你的“Internet信息服务”中使用的是“默认web站点”并且属性中的IP地址为“（全部未分配）”，不是指定IP地址。不要删除默认web站点，如果删除了，也可以新建一个名称为“默认web站点”的目录。
3.如果IE使用了代理，“对于本地地址不使用代理服务器”勾上。
4.配置问题，从windows的“开始”菜单->程序->Visual Studio .NET 2003->Visual Studio .net 工具->Visual Studio .net命令提示，打开窗口，输入aspnet_regiis /i，稍等片刻，提示开始安装，结束安装，回到提示符下。
5.重装IIS。重装之后也要进行步骤4。
解决方案二：
昨天同事MM在调试一台装有.NET WEB服务器又出现了"Visual Studio .NET已检测到指定的Web服务器运行的不是ASP.NET 1.1 版.."的错误，叫我去帮忙搞，搞了半天，才搞定，到底是什么问题
原来她将IIS中“默认web站点”删除，自己新建了一个站点，运行正常，就是无法编译，新建也不成，出现非1.1版本错误，以前出现错误是因为，服务器使用了固定IP，而管理员将属性中的IP地址为指定的ip地址！现在也很有必要做个总结！
步骤尝试如下：
1.当然先确定一下，是否真的装了1.1的版本，查看路径 C:/WINNT/Microsoft.NET/Framework/v1.1.4322
2.也是很多人都知道，重新安装 aspnet_regiis ，怎么安装，就不多说了，网上很多！
3.重启IIS，重新启动ASP.NET服务程序
4.如果你的Web服务器使用了固定IP：确定你的“Internet信息服务”中使用的是“默认web站点”并且其属性中的IP地址为“（全部未分配）”，而不是你己指定的ip地址。可以修改“默认web站点”的名字，但不要删除，一旦删除，只要在新建的时候，名称严格为“默认web站点”也可以恢复
5.如果你的IE使用了代理的话，把 Bypass Proxy Server for local adresses勾上
6.如果你本身已经有个web站点，请把它卸载掉，不用重新安装vs.net，只要重新安装下iis也可以。
7.如果还是不行，那可真没什么办法了，那就重装IIS，FRAMWORK，.NET，操作系统吧
最后说一个安全问题，尽量不要把IIS指向默认路径C:/Inetpub/wwwroot 这个路径很容易受攻击，最好重新指向一个新的路径，然后把wwwroot文件夹删除掉，需要用户上传文件的，千万要阻止上传“.HTA”文件，做好访问网站的权限，屏蔽执行HTA文件，做好数据库备份工作！
又是工作中的一点经验，供大家参考，少走弯路！
确实是Bug
1.你的Web服务器使用了固定IP：确定你的“Internet信息服务”中使用的是“默认web站点”并且其属性中的IP地址为“（全部未分配）”，而不是你己指定的ip地址。然后在回到VS.NET中重试，或许可以解决。
2.以上方法不能解决问题时，考虑MSDN中的解决办法，如下：
Visual Studio .NET 无法确定在 Web 服务器计算机上运行的是否为 ASP.NET 1.1 版。该错误可能在几种不同情况下发生。请检查是否属于以下情况：
a, 确保 .NET Framework 1.1 版安装在 Web 服务器计算机上。有关详细信息，请参见 Visual Studio .NET 软件要求。
b, 如果 ASP.NET 已安装在 Web 服务器计算机上，但仍然遇到此错误，则可能是配置问题。为了纠正有问题的安装或配置，可以使用名为 aspnet_regiis 的 ASP.NET 实用工具。在类似如下所示的路径中可以找到此命令行实用工具：
C:/WINDOWS/Microsoft.NET/Framework/v1.1.nnnn其中 nnnn 表示四位内部版本号。在最高版本号下查找。使用 /i 开关运行该实用工具：
aspnet_regiis /i
提示 您可以从命令的正确目录中直接打开该命令窗口。从 Windows 的“开始”菜单，指向“程序”、“Visual Studio .NET 2003”、“Visual Studio .NET 工具”，然后选择“Visual Studio .NET 命令提示”。在窗口打开后，键入 aspnet_regiis /i。
不需要吧，在程序的vs.net的vs.net tool 的 vs.net command prompt下输入： aspnet_regiis -r
问题就可以解决了。
仔细的看看 aspnet_regiis 的参数的意义
查询参数 aspnet_regiis /all
会列出所有的参数