TCDB 数据库简介

TCDB是对膜转运蛋白（Membrane Transport Protein）进行分类的一个数据库，它制定了一套转运蛋白分类系统（Transporter Classification）, 简称TC System, 类似于对酶进行分类的EC系统，只不过TC系统同时提供了功能和进化信息；

TCDB对于每一个转运蛋白家族，提供了一个TC Nmuber, TC Number 由小数点分隔的5为数字或者字母构成

目前TCDB提供了超过800个转运蛋白家族， 包含10000多条唯一的蛋白质序列和10000多篇文献

数据库网址如下：

http://www.tcdb.org/

 对于整个TC 分类系统而言，包含5个层级的分类，所以TC Number 包含5个数字或者字母， 每个数字或字母实际代表某一个层级的分类结果，第一级分类包括以下几个大类：

http://www.tcdb.org/browse.php

点击左侧的+，可以对某个具体的分类进行展开，这样就可以看到其包含的具体的分类系统

对于TCDB而言，是可以免费下载的，下载的链接如下：

http://www.tcdb.org/download.php

点击 TCDB FsatA Sequences 超链接，下载所有的序列，下载下来的序列内容如下：

>gnl|TC-DB|1001796365|4.F.1.1.5 CDP-alcohol phosphatidyltransferase [Marinobacter excellens]
MDSIRPATFQIPAAVRELGWAALLLFFVLLSVHEWFSPPGWFGLLAILIFATQGALILTR
WPARQNFGWANRTTLLRSILVVSLVAWAPFLPAADSSALWIYGVACLIALILDGVDGKVA
RATNSNSEFGARFDMELDALFIFGLCVATMAIGKAGPWVLMLALMRYAFLAASHFLTWLN
QPLPDSFRRKTVCVWQVVTLMIAILPPTPTGFAGTTLAMALALLGWSFALDVRWLYQRRH
YHEN

在序列标识符中，1001796365 代表该蛋白质序列在GeneBank 数据库中的编号， 4.F.1.1.5 是TC Number, 代表该蛋白质所属的转运蛋白家族，CDP-alcohol phosphatidyltransferase 是对该转运蛋白家族功能的具体描述，[Marinobacter excellens] 是该蛋白序列的来源物种

有了fasta序列之后，我们可以对序列进行TCDB的功能注释了

TCDB还提供了TCID 与其他数据库的关联，点击ID Mapping 超链接，可以看到下图：

以GO 数据库为例，go.tsv 文件中的部分内容如下：

GO:0008076      1.A.1.1.1        Voltage-gated Ion Channel (VIC) Superfamily .
GO:0005249      1.A.1.1.1        Voltage-gated Ion Channel (VIC) Superfamily .
GO:0006813      1.A.1.1.1        Voltage-gated Ion Channel (VIC) Superfamily .
GO:0008076      1.A.1.2.2        Voltage-gated Ion Channel (VIC) Superfamily .
GO:0005515      1.A.1.2.2        Voltage-gated Ion Channel (VIC) Superfamily .
GO:0005249      1.A.1.2.2        Voltage-gated Ion Channel (VIC) Superfamily .
GO:0006813      1.A.1.2.2        Voltage-gated Ion Channel (VIC) Superfamily .
GO:0055085      1.A.1.2.2        Voltage-gated Ion Channel (VIC) Superfamily .
GO:0043005      1.A.1.3.1        Voltage-gated Ion Channel (VIC) Superfamily .
GO:0043025      1.A.1.3.1        Voltage-gated Ion Channel (VIC) Superfamily .

可以看到保存的实际是TC Number 和 GO的对应关系，其他的文件内容是类似的，只不过link的数据库不一样。