二进制silent文件是一种专有的Rosetta格式，它比PDB文件紧凑得多，可以存储任意数量的结构，避免了许多文件系统上的磁盘空间和文件数量限制。
一、只需要在输出时加一个flag就可以生成silent格式输出。
flag如下：
1 -out:file:silent scoring.silent
此文件中包含了score信息，pdb格式信息等。
需要注意的是如果要加入prefix或者suffix，需要把flag加在silent之前：
1 -out:prefix scoring_ 2 -out:file:silent scoring.silent
二、我们可以使用 extract_pdbs APP对silent文件进行解析，即可生成批量的PDB文件。
命令如下：
1 extract_pdbs.linuxgccrelease -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent scoring.silent
prefix和suffix也可以通过flag加入：
1 -out:prefix scoring_