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原文地址：FPKM与RPKM作者：Fiona_72965
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定义：
FPKM：Fragment Per Kilobase of exon model per Million mapped reads；每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的Fragments个数。在ref中，使用FPKM；
RPKM：Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads；每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的reads个数。在denovo中，使用RPKM；
区别：
转录组测序采取PE100的测序策略，会得到R1和R2两条序列
不管是denovo还是ref，在做样品表达定量时是均是将reads比对到参考基因组上（不同的是ref的参考基因组用的是数据库下载的基因组序列，denovo用的是trinity拼接得到的、去冗余的unigene）。有参考的RNA-seq 把paired 的R1,R2 成对数据当作1个fragment ,用于发现junction位点，可变剪切，基因融合等等
ref定量样品表达量使用的tophat软件，会将R1和R2作为整体一起比对到参考基因组，因此mapp到基因组的是R1和R2一对序列，被定义为1个Fragment。
而对于denovo，使用bowtie进行表达量定量，在将序列比对到unigene时，会将R1和R2分别看成两个single read序列，会先将R1比对到参考基因组，再将R2比对到参考基因组，因此用RPKM进行定义。
公式=该基因reads数/（基因长度*所有reads数）106 FPKM小于等于两倍的RPKM
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