首先简单介绍下两者的概念：
Hibernate ：Hibernate 是当前最流行的ORM框架，对数据库结构提供了较为完整的封装。
Mybatis：Mybatis同样也是非常流行的ORM框架，主要着力点在于POJO 与SQL之间的映射关系。
其次具体从几个方面说一下两者的区别：
1.两者最大的区别：
针对简单逻辑，Hibernate和MyBatis都有相应的代码生成工具，可以生成简单基本的DAO层方法。
针对高级查询，Mybatis需要手动编写SQL语句，以及ResultMap。而Hibernate有良好的映射机制，开发者无需关心SQL的生成与结果映射，可以更专注于业务流程。
2.开发难度对比
Hibernate的开发难度要大于Mybatis。主要由于Hibernate比较复杂、庞大，学习周期较长。
而Mybatis则相对简单一些，并且Mybatis主要依赖于sql的书写，让开发者感觉更熟悉。
3.sql书写比较
Mybatis的SQL是手动编写的，所以可以按需求指定查询的字段。不过没有自己的日志统计，所以要借助log4j来记录日志。
Hibernate也可以自己写SQL来指定需要查询的字段，但这样就破坏了Hibernate开发的简洁性。不过Hibernate具有自己的日志统计。
4.数据库扩展性比较
Mybatis由于所有SQL都是依赖数据库书写的，所以扩展性，迁移性比较差。
Hibernate与数据库具体的关联都在XML中，所以HQL对具体是用什么数据库并不是很关心。
5.缓存机制比较
相同点：Hibernate和Mybatis的二级缓存除了采用系统默认的缓存机制外，都可以通过实现你自己的缓存或为其他第三方缓存方案，创建适配器来完全覆盖缓存行为。
不同点：Hibernate的二级缓存配置在SessionFactory生成的配置文件中进行详细配置，然后再在具体的表-对象映射中配置是那种缓存。
MyBatis的二级缓存配置都是在每个具体的表-对象映射中进行详细配置，这样针对不同的表可以自定义不同的缓存机制。并且Mybatis可以在命名空间中共享相同的缓存配置和实例，通过Cache-ref来实现。
两者比较：因为Hibernate对查询对象有着良好的管理机制，用户无需关心SQL。所以在使用二级缓存时如果出现脏数据，系统会报出错误并提示。
而MyBatis在这一方面，使用二级缓存时需要特别小心。如果不能完全确定数据更新操作的波及范围，避免Cache的盲目使用。否则，脏数据的出现会给系统的正常运行带来很大的隐患。
6.总结：
Hibernate与MyBatis都可以是通过SessionFactoryBuider由XML配置文件生成SessionFactory，然后由SessionFactory 生成Session，最后由Session来开启执行事务和SQL语句。而MyBatis的优势是MyBatis可以进行更为细致的SQL优化，可以减少查询字段，并且容易掌握。
Hibernate的优势是DAO层开发比MyBatis简单，Mybatis需要维护SQL和结果映射。数据库移植性很好，MyBatis的数据库移植性不好，不同的数据库需要写不同SQL。有更好的二级缓存机制，可以使用第三方缓存。MyBatis本身提供的缓存机制不佳。