今天用MetaMap处理pubmed数据，总是遇到java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space，在网上搜了一大圈，终于找到了解决方法，记录一下。
以下内容来自：wfnlibo
因为程序要从数据读取近10W行记录处理，当读到9W的时候就出现 java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space 这样的错误。
在网上一查可能是JAVA的堆栈设置太小的原因。
跟据网上的答案大致有这两种解决方法：
1、设置环境变量
set JAVA_OPTS= -Xms32m -Xmx512m
可以根据自己机器的内存进行更改,但本人测试这种方法并没有解决问题。可能是还有哪里需要设置。
2、java -Xms32m -Xmx800m className
就是在执行JAVA类文件时加上这个参数，其中className是需要执行的确类名。（包括包名）
这个解决问题了。而且执行的速度比没有设置的时候快很多。
如果在测试的时候可能会用Eclispe 这时候就需要在Eclipse ->run -arguments 中的VM arguments 中输入-Xms32m -Xmx800m这个参数就可以了。
第二种方法非常靠谱，强烈推荐，感谢wfnlibo。