• lapack+atlas+glpk+cvxopt环境搭建(无root权限)


    参考博文:

    http://blog.sina.com.cn/s/blog_6cb8e53d0101keak.html#cmt_2211247

    http://pgfe.umassmed.edu/ou/archives/2549

    服务器环境:

    1.linux 64位

    2.centOS 5

    3. g++ 4.1.2

    (不确定服务器配置对环境搭建的影响,只是在本机这样的环境下配置成功)

    开发包:

    lapack-3.3.1.tgz       http://www.netlib.org/lapack/#_previous_release

    atlas3.8.4.tar.bz2     http://sourceforge.net/projects/math-atlas/files/Stable/

    cvxopt-1.1.7.tar.gz  http://cvxopt.org/download/index.html

    glpk-4.53.tar.gz       http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/

    安装步骤:

    一、lapack安装

    tar -zxvf lapack-3.3.1.taz

    cd lapack-3.3.1

    cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc

    vi make.inc

       修改两行:OPTS = -O2 -fPIC

          NOOPT = -O0 -fPIC

    cd SRC

    make (lapack-3.3.1下生成lapack_LINUX.a )

    二、atlas安装

    tar jxvf atlas3.8.4.tar.bz2

    cd ATLAS/

    mkdir ATLAS_x86_64

    cd ATLAS_x86_64

    ../configure -Fa alg -fPIC --with-netlib-lapack=**/lapack-3.3.1/lapack_LINUX.a --prefix=***/atlas

      注:--with-netlib-lapack是lapack_LINUX.a的路径

        --prefix 是安装路径,自己指定(atlas是我创建的一个文件夹)

        随意指定路径即可,不一定在/usr 或者~/.local下

    make

    cd lib

    make shared 

    make ptshared  (这两步在lib下生成6个so文件)

    cd ..

    make install

    cp lib/*.so **/atlas/lib (atlas安装路径下的lib)

    三、设置环境变量

    vi ~/.bashrc

    添加 export LD_LIBRARY_PATH=**/atlas/lib:$LD_LIBRARY_PATH

    source ~/.bashrc

    四、安装cvxopt

    tar zxvf cvxopt-1.1.7.tar.gz

    vi setup.py

      修改:BLAS_LIB_DIR = '**/atlas/lib'

         BLAS_LIB = ['f77blas', 'cblas', 'atlas', 'gfortran']

         LAPACK_LIB = ['lapack']

    python setup.py install

    测试是否安装成功:

    test.py

      from cvxopt import matrix

    没有错误,即成功。

    五、安装扩展模块glpk

    1.安装glpk

    tar zxvf glpk-4.53.tar.gz

    cd glpk-4.53

    ./configure

    make

    make check

    mkdir **/glpk

    make prefix=**/glpk install

    2.配置环境变量

    vi ~/.bashrc

    添加export LD_LIBRARY_PATH=**/glpk/lib:$LD_LIBRARY_PATH

    source ~/.bashrc

    3.cvxopt安装扩展模块glpk

    cd cvxopt-1.1.7

    vi setup.py

    修改:BUILD_GLPK = 1

       GLPK_LIB_LIBRARY='**/glpk/lib'

            GLPK_INC_LIBRARY='**/glpk/include'

    python setup.py install

    4.测试

    python

    from cvxopt import glpk

    没有报错,则成功。

    5.注意:起初使用的是cvxopt-1.1.5,但在扩展glpk模块时遇到很多error,形如

     C/glpk.c:46: error: ‘LPX_K_MSGLEV’ undeclared here (not in a function)

    后来知是cvxopt和glpk之间的接口问题。后来使用cvxopt-1.1.7和 glpk 4.53是OK

    的。没有探究cvxopt-1.1.7和glpk 4.53以上版本是否work,估计OK。

    总结:这是我第一次在linux下安装工具,历时一周,花在这个上面的时间有两天半。

    现在回过头来想想也不是那么不易,只是安装过程确实遇到许多莫名的问题,通过网上对问题搜索,

    研读安装文件,向人请教相关知识,还发邮件给在github上看到的安装成功的人请教,等等,终于安装成功。

    还是蛮开心的,相当锻炼解决问题的能力!

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