JPA是Java EE 5很重要的一部分，它的采用大大简化了Entity Bean的使用。但JPA有一个很明显的缺陷，就是无原则地采用JPA，就有可能将数据库结构移植到你的应用程序的代码中。这将给应用程序的维护和升级带来麻烦。
本文讲的“无原则地采用JPA”，主要指通过Annotation对Entity Bean之间的关系进行定义。这些数据实体的关系，如一对多，一对一，多对一，多对多及关联操作（cascade）等，很明显是数据库概念。为了实现ORM的目的，JPA不得不将其在Entity源代码中定义这种关系。
这在很大程度上，将数据库的结构与设计移植到了应用程序中。这有以下几个问题：
一，应用程序源代码可读性差数据库结构的复杂程度，几乎完全取决于应用的业务逻辑。如果业务逻辑复杂，对Entity Bean的关系定义将很困难。可以想象，其代码的可阅读性将很差。
二，应用程序的可维护性差一旦数据库结构因业务需求而发生变化，这些关系将需要重新定义。
三，对较复杂的数据库结构关系进行定义几乎是不现实的这也是ORM本身的局限性。将数据库结构移植到应用程序中本身就是个错误方向。关系数据库主要在于“关系”二字，因为数据库关心的是数据及其完整性（Data）。而应用程序采用OOP的开发手段，关心的是系统内部各“物件（Object）”的动作（Operation）。数据是应用程序的状态；动作是应用程序的业务逻辑。状态和动作是构成应用程序的两大要素，二者缺一不可。而ORM试图忽视状态而抬高动作，岂不知“动作”的最终结果要落实在“状态”的改变上。想一想，为什么Object Database Management System （ODBMS）不太流行呢？