以前也折腾过这个问题，不过不如这次来的更深刻了。
最早的资料来源是陈正冲·石虎的《C语言深度剖析》，但是看过之后还是有些模糊。xczhang的文章用了具体的例子来分析：
http://www.cppblog.com/xczhang/archive/2007/12/23/39393.html
他的原话是：
“事实上，很多人对#pragma pack的理解是错误的。#pragma pack规定的对齐长度，实际使用的规则是：
结构，联合，或者类的数据成员，第一个放在偏移为0的地方，以后每个数据成员的对齐，按照#pragma pack指定的数值和这个数据成员自身长度中，比较小的那个进行。
也就是说，当#pragma pack的值等于或超过所有数据成员长度的时候，这个值的大小将不产生任何效果。
而结构整体的对齐，则按照结构体中最大的数据成员 和 #pragma pack指定值 之间，较小的那个进行。”
这里提到了3个对比的优先级：#pragma pack(n)的参数n、结构体最大成员的长度、每个成员在“摆放”位置时自己的自身的长度。
还是用一个例子来说明吧：
struct TestStruct { char a; long long b; short c; //int d; //char d; short d; //用一个默认构造函数进行初始化，便于在“内存”面板查看内存块使用情况 TestStruct::TestStruct() : a('a'), b(10L), c(2), d(3){} }; int normal_size = sizeof(TestStruct); printf("sizeof(TestStruct4) result is : %d\n", normal_size);
成员a、b、c在内存中的排列情况是：
61 cc cc cc cc cc cc cc //成员a(char)：a???????
0a 00 00 00 00 00 00 00 //成员b(long long)：10
02 00 //成员c(short)：2
解释：整个结构体最大成员为b，long long长度为8。首先放成员a：a为char型长度为1，放入[0]号位置。
成员b长度为8，其首元素位置下标必须为8的倍数，取最小值，故将b从[8]开始摆放。
成员c长度为2，首元素位置下标必须为2的倍数，此时最小下标为[16]，放入。
注意TestStruct最后一个成员d，当d的类型为char时，第三行排布情况为（假设d初始化为字符'd'）：
02 00 64 cc cc cc cc cc
解释：d的自身长度为1，其下标必须为1的倍数，故将其放在c的后面（下标[18]），中间不留空位，剩余部分由“空位（cc）”填充。
当d类型为short时，第三行排布情况为（假设d值为3）：
02 00 03 00 cc cc cc cc
解释：d自身长度为2，满足2的倍数条件的最小下标为[18]
当d类型为int时，第三行排布情况为（假设d值为3）：
02 00 cc cc 03 00 00 00
解释：d自身长度为4，满足2的倍数条件的最小下标为[20]。故c、d之间补两个空位（cc）
不加pragma pack(n)，三种情况结构体大小都一样，为24。
如果加了呢？这里以 pragma pack(2)，即我们以2作为对齐长度
解释：整个结构体最大成员为b，long long长度为8。首先放成员a：a为char型长度为1，放入[0]号位置。
成员b长度为8，其首元素位置下标必须为8的倍数，取最小值，故将b从[8]开始摆放。
成员c长度为2，首元素位置下标必须为2的倍数，此时最小下标为[16]，放入。
注意TestStruct最后一个成员d，当d的类型为char时，第三行排布情况为（假设d初始化为字符'd'）：
02 00 64 cc cc cc cc cc
解释：d的自身长度为1，其下标必须为1的倍数，故将其放在c的后面（下标[18]），中间不留空位，剩余部分由“空位（cc）”填充。
当d类型为short时，第三行排布情况为（假设d值为3）：
02 00 03 00 cc cc cc cc
解释：d自身长度为2，满足2的倍数条件的最小下标为[18]
当d类型为int时，第三行排布情况为（假设d值为3）：
02 00 cc cc 03 00 00 00
解释：d自身长度为4，满足2的倍数条件的最小下标为[20]。故c、d之间补两个空位（cc）
不加pragma pack(n)，三种情况结构体大小都一样，为24。
如果加了呢？这里以 pragma pack(2)，即我们以2作为对齐长：
#pragma pack(2) struct TestStruct { char a; long long b; short c; //int d; //char d; short d; //用一个默认构造函数进行初始化，便于在“内存”面板查看内存块使用情况
TestStruct::TestStruct() : a('a'), b(10L), c(2), d(3){} }; #pragma pack() int normal_size = sizeof(TestStruct); printf("sizeof(TestStruct4) result is : %d\n", normal_size);
成员a、b、c在内存中的排列情况是：
61 cc //成员a(char)：a?
0a 00
00 00
00 00
00 00 //成员b(long long)：10
02 00 //成员c(short)：2
解释：整个结构体最大成员为b，long long长度为8。由于加了#pragma pack(2)，2比8要小，整个结构体以2作为对齐长度。
首先放成员a：a为char型长度为1，放入[0]号位置。
成员b长度为8，其首元素位置下标必须为2的倍数，取最小值，故将b从[2]开始摆放。
成员c长度为2，首元素位置下标必须为2的倍数，此时最小下标为[10]，放入。
注意TestStruct最后一个成员d，当d的类型为char时，第三行排布情况为（假设d初始化为字符'd'）：
02 00
64 cc
解释：d的自身长度为1，其下标必须为1的倍数，故将其放在c的后面（下标[12]），中间不留空位，最后一位由“空位（cc）”填充。
此时结构体大小为14 = 2+8+2+2
当d类型为short时，第三行排布情况为（假设d值为3）：
02 00
03 00
解释：d自身长度为2，满足2的倍数条件的最小下标为[12]，此时结构体大小为14 = 2+8+2+2
当d类型为int时，第三行排布情况为（假设d值为3）：
02 00
03 00
00 00
解释：d自身长度为4，满足2的倍数条件的最小下标为[12]。int内存块视作拆成两个short
此时结构体大小为：16 = 2+8+2+4
#pragma pack(4)和#pragma pack(8)同理，这里不做赘述