图来源于：http://www.cnblogs.com/smoothLily/p/4745856.html
个人的理解：
1. 所有对象都有 __proto__属性，返回该对象的原型对象。例如f1由语句var f1 = new Foo()生成，那么f1.__proto__就是由构造函数Foo生成的原型对象Foo.prototype.
f1.__proto__ === Foo.prototype; //true
2. 所有函数具有prototype属性，这是一个指针，指向函数所生成对象的原型对象。Foo.prototype就是由 new Foo()函数所生成的这一类对象的原型，原型是可以被修改的：
function Foo(){};
var f1 = new Foo();
Foo.prototype.name = "emily";
f1.name; // "emily"
如上代码所示，先生成对象f1，然后修改其对象原型，给它增加了一个name属性。f1因此也有了name属性。
3. 但是函数也是一种对象，因此它也有__proto__属性，即也有其原型对象。对于函数（对象）Foo来说：
Foo.__proto__ === Function.prototype; // true
Function.prototype就是由new Function()所生成的这一类对象的原型。
函数（对象）Foo的原型正是由Function函数所生成的原型。
4. JavaScript的内置函数如Function, Object, Array, Date等，都既是构造函数，又是对象，因此他们都有prototype和__proto__属性。
不同的是prototype指向的是其本身作为构造函数作用时所生成的对象的原型对象。
而__proto__属性是返回其本身作为对象的原型对象。
Function.__proto__ === Function.prototype; //true Array.__proto__ === Function.prototype; //true Date.__proto__ === Function.prototype; //true Object.__proto__ === Function.prototype; //true
Foo.__proto__ === Function.prototype; //true
5. 如上所示，所有(构造函数)对象的原型对象都是Function.prototype，这也是一个对象，在console中查看该对象，发现它返回的是一个空函数：
Function.prototype.toString(); // 返回"function () {}"
那么这个对象有没有原型对象呢，它的__proto__返回什么呢？
Function.prototype.__proto__ === Object.prototype; // true
所以
Function.__proto__.__proto__ === Object.prototype; // true
Array.__proto__.__proto__ === Object.prototype; // true
Date.__proto__.__proto__ === Object.prototype; // true
Object.__proto__.__proto__ === Object.prototype; // true
Foo.__proto__.__proto__ === Object.prototype; // true
6. Object.prototype也是一个对象，因此其__proto__属性返回：
Object.prototype.__proto__; // null
因此
Function.__proto__.__proto__.__proto__; // null Array.__proto__.__proto__.__proto__; // null Date.__proto__.__proto__.__proto__; // null Object.__proto__.__proto__.__proto__; // null Foo.__proto__.__proto__.__proto__; // null f1.__proto__.__proto__.__proto__; // null
任何对象向上回溯最终都会到null。
7. 关于原型对象的constructor属性：每个函数对象都有名为“prototype”的属性，用于引用原型对象。此原型对象又有名为“constructor”的属性，它反过来引用函数本身。这是一种循环引用
Foo.prototype.constructor === Foo; //true
总结：理解这个概念的关键点就在于，__proto__是对象的属性，是用来向上查找其原型对象的。
而prototype是函数的属性，其作用指向该构造函数所生成对象的原型。
此外在stackoverflow上对这个问题的回答很有意思：
__proto__ is the actual object that is used in the lookup chain to resolve methods, etc.
prototype is the object that is used to build __proto__ when you create an object with new:
(new Foo).__proto__ === Foo.prototype; // 函数调用prototype属性用来构造对象原型 (new Foo).prototype === undefined; // 对象没有prototype属性