从理性上来认识Windows与Linux的区别主要有以下几个方面.
Linux 的应用目标是网络而不是打印
Windows最初出现的时候，这个世界还是一个纸张的世界。Windows的伟大成就之一在于您的工作成果可以方便地看到并打印出来。这样一个开端影响了 Windows 的后期发展。
同样，Linux 也受到了其起源的影响。Linux 的设计定位于网络操作系统。它的设计灵感来自于 Unix 操作系统，因此它的命令的设计比较简单，或者说是比较简洁。由于纯文本可以非常好地跨网络工作，所以 Linux 配置文件和数据都以文本为基础。
对那些熟悉图形环境的人来说，Linux服务器初看可能比较原始。但是Linux开发更多关注的是它的内在功能而不是表面上的东西。即使是在纯文本的环境中，Linux同样拥有非常先进的网络、脚本和安全能力。执行一些任务所需的某些表面上看起来比较奇怪的步骤是令人费解的，除非您认识到 Linux 是期望在网络上与其他 Linux系统协同执行这些任务。Linux的自动执行能力也很强，只需要设计批处理文件就可以让系统自动完成非常详细的任务。 Linux 的这种能力来自于其基于文本的本质。
可选的 GUI
Linux有图形组件。Linux支持高端的图形适配器和显示器，完全胜任图形相关的工作。现在，许多数字效果艺术家在Linux工作站上来进行他们的设计工作，而以前这些工作需要使用IRIX系统来完成。但是，图形环境并没有集成到 Linux 中，而是运行于系统之上的单独一层。这意味着您可以只运行 GUI，或者在需要时才运行 GUI。如果您的系统主要任务是提供Web应用，那么您可以停掉图形界面，而将其所用的内存和CPU资源用于您的服务。如果您需要在 GUI 环境下做一些工作，可以再打开它，工作完成后再将其关闭。
Linux 有图形化的管理工具，以及日常办公的工具，比如电子邮件、网络浏览器和文档处理工具等。不过，在 Linux 中，图形化的管理工具通常是控制台 (命令行) 工具的扩展。也就是说，用图形化工具能完成的所有工作，用控制台命令同样可以完成。同样，使用图形化工具并不妨碍您对配置文件进行手工修改。其实际意义可能并不是特别显而易见，但是，如果在图形化管理工具中所做的任何工作都可以以命令行的方式完成，这就表示那些工作也可以由一个脚本来实现。脚本化的命令可以成为自动执行的任务。Linux 同时支持这两种方式，并不要求您只用文本或者只用 GUI。您可以根据您的需要选择最好的方法。
文件管理
Linux不使用文件名扩展来识别文件的类型。相反，Linux 根据文件的头内容来识别其类型。为了提高人类可读性您仍可以使用文件名扩展，但这对 Linux 系统来说没有任何作用。不过，有一些应用程序，比如 Web 服务器，可能使用命名约定来识别文件类型，但这只是特定的应用程序的要求而不是 Linux 系统本身的要求。
Linux通过文件访问权限来判断文件是否为可执行文件。任何一个文件都可以赋予可执行权限，这样程序和脚本的创建者或管理员可以将它们识别为可执行文件。这样做有利于安全。保存到系统上的可执行的文件不能自动执行，这样就可以防止许多脚本病毒。
注册表与配置文件
注册表是Windows的一个很大的特色,这是Windows的一个核心数据库,记录了系统的启动设置,服务选项,所有安装的硬软件的启动,关联,删除等相关信息,以及所有的文件关联等.
而Linux跟这种机制完全不同,它用的是配置文件,每个程序都有自己的配置文件,一般放在用户目录或文件安装目录下,它们都可以用文本编辑工具对其进行检查,编辑.
Linux下Shell脚本占有很重要的地位,像启动等很多任务都通过脚本文件来完成.
不需要重新引导
如果您使用Windows已经很长时间了，您可能已经习惯出于各种原因（从软件安装到纠正服务故障）而重新引导系统。在Linux思想中您的这一习惯需要改变。Linux在本质上更遵循“牛顿运动定律”。一旦开始运行，它将保持运行状态，直到受到外来因素的影响，比如硬件的故障。实际上，Linux系统的设计使得应用程序不会导致内核的崩溃，因此不必经常重新引导（与Windows系统的设计相对而言）。所以除了Linux内核之外，其他软件的安装、启动、停止和重新配置都不用重新引导系统。
如果您确实重新引导了 Linux 系统，问题很可能得不到解决，而且还会使问题更加恶化。学习并掌握 Linux 服务和运行级别是成功解决问题的关键。学习 Linux 最困难的就是克服重新引导系统的习惯。