• 配置服务器(anaconda + jupyter + R)


    总结一下整体的流程:

    1. 服务器安装anaconda

      首先清华镜像站下载anaconda3。

    2. 将下载好的文件用scp命令传入服务器

      注意:指定端口用-P命令 p大写

    1 scp -P 65532 本机地址 用户名@服务器IP:传输目标地址

      如果要传输文件夹请用如下命令:

    1 scp -P 65532 -r 本机地址 用户名@服务器IP:传输目标地址

    3. 安装

    1 bash AnaXXXX.sh

    如果需要重装请用

    1 bash AnanXXX.sh -u

    这里遇到一个坑,就是服务器的一个节点坏掉了,所以要进入到另外的节点

    1 ssh -p 65532 XXX@xxx.xxx.xxx   //这个节点坏掉了,要进去以后重新指定节点
    2 ssh g03    // 指定进入g03节点    

    4. 安装好了以后要配置路径才可以用

    输入命令打开配置文件
    vim ~/.bashrc

    在最后添加语句
    export PATH=/home/XXX/anaconda3/bin:$PATH

    XXX为你的用户名

    注意

    linux配置文件执行顺序为:
    /etc/profile→ (~/.bash_profile | ~/.bash_login | ~/.profile)→ ~/.bashrc →/etc/bashrc → ~/.bash_logout

    假如在~/.bash_profile文件中没有下面的代码:

    1 if [ -f ~/.bashrc ] ; then
    2         source .bashrc
    3 fi 

    那么linux就不会自动执行~/.bashrc文件,所以你每次登陆的时候都要手动输入source ~/.bashrc。
    所以需要vim ~/.bash_profile 添加代码块中的内容,当然如果不嫌麻烦就每次都source吧!

    source之后就可以看到python 可以显示anaconda安装的对应版本

    conda也可以用了

    先构建环境:

    1 conda update -n base conda        //update最新版本的conda
    2 conda create -n xxxx python=3.5   //创建python3.5的xxxx虚拟环境
    3 conda activate xxxx               //开启xxxx环境
    4 conda deactivate                  //关闭环境
    5 conda env list                    //显示所有的虚拟环境

    5. jupyter 配置远程链接

    我个人是不太推荐用网上常见的配置密码的操作,因为如果不配置,打开jupyter每次也会分配一个token把这个复制到密码就可以了

    jupyter 也可以指定端口

    1 jupyter notebook --port 9995

    然后在本机建立通道监听远程服务器的9995端口,即可在自己的浏览器中访问了

    建立通道:

    1 ssh -p 65532 xxx@xx.xxx.xx.xxx -L 127.0.0.1:9995:localhost:9995

    前面的127.0.0.1是为了指定进入g03节点,如果没有开始的节点坏掉就直接用下面的

    1 ssh -p 65532 xxx@xx.xxx.xx.xxx -L 9995:localhost:9995

     6. jupyter 关联R

    先在某个建好的anaconda环境下面安装r,建议把源换成清华的

     1 #加源与库
     2   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
     3     conda config --set show_channel_urls yes
     4 
     5 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
     6 
     7 conda config --add channels conda-forge
     8 conda config --add channels defaults
     9 conda config --add channels r
    10 conda config --add channels bioconda
    11 
    12 #升级conda版本
    13 conda update conda
    14 conda install R

    然后,启动R控制台,运行下面的语句::

    1 install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools'))
    2 devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
    3 IRkernel::installspec()  # to register the kernel in the current R installation

    然后再重启jupyter就可以了

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/shanyr/p/11276755.html
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