自己前一段时间出现了这个问题，通过在网上搜索，大概知道了原因，整理下一，以供大家参考。
将项目部署好后，启动tomcat后报错，java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/juli/logging/LogFactory
报这个错说明你用的是tomcat7。
目前的MyEclipse的内核为Eclipse3.5.* 尚不能提供直接对tomcat 7的支持，最新的Eclipse3.6.*可以直接支持。
解决方法有两个：
一、打开myeclipse，Preferentces->MyEclipse->Servers->Tomcat->Tomcat 6.x
,载入Tomcat7，在"Paths"下，点击“Add JAR/ZIP”,加载tomcat7下的……/bin/tomcat-juli.jar。点击“OK”.
二、可以设置环境变量添加classpath到CATALINE_HOME/bin/tomcat-juli.jar，Tomcat默认启动会自动加载。
classpath=……;%CATALINA_HOME%in omcat-juli.jar;
ok了，这两个方法都是可以的，希望给大家带来方便。