GTF文件的全称是gene transfer format，主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢，其实所谓的基因名，基因座等，都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已，还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体（DNA序列）。而这个GTF文件的主要功能，就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置（coordinate），并且还标注了这一段区间的其他信息。
GTF文件我一般喜欢去ensembl下载，gencode也可以。 这里给出链接：
ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-89/gtf/homo_sapiens/
http://www.gencodegenes.org/releases/current.html
参考ensembl 给出的官方说明： http://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html