perl -MCPAN -e shell
install Bio::SeqIO
或者直接perl -MCPAN -e 'install Excel::Writer::XLSX'
用cpan装不上，编译有问题，尝试用conda，成功安装。
conda install -c bioconda perl-bioperl
然后还需要导出perllib，让perl能找到指定的pm包。
同时学perl、python和shell脚本会很容易将它们的语法搞混，本文主要是一个个人的总结，方便要用时的查询。
perl基本语法、安装、帮助文档
文件头格式：
#!/usr/bin/perl use strict; use warnings;
运行perl脚本:
#调用perl程序 perl test.pl #可执行脚本 chmod 755 test.pl ./test.pl
基本读写：
#键盘输入 $a = <STDIN>; chomp($a); print $a; #文件输入 open(IN, "<test.txt") or die "Cannot open file:$! "; open(OUT, ">test.txt") or die "Cannot open file:$! "; while(<IN>){ chomp; print OUT "1. $_"; last; }; close(IN); close(OUT);
基本控制流:
if( ){ }elsif( ){ }else{ }
print "Hello!" if (1 == 1); #简写
while( ){ $count++; } for($i; $i <= 10; $i++){ } foreach (@array){ print $_; }
last; #break next; #continue
数据结构：标量变量（$），列表（），数组（@），哈希（%），文件句柄（<>）
语法结构：语句以分号（；）结束，代码块使用花括号{}划分，动态语言不必指明变量类型
单双引号：单引号q（），所有原样输出；双引号qq（），允许插入变量
语法惯例：perl中很多地方括号（）是可有可无的，特别是内置函数，如print、split等；可以使用递增递减运算符
安装：Windows装Active版本，（perl -v）检查；linux装，
$ tar -zxvf stable.tar.gz -C dir $ sh Configure # 配置 $ make # 安装 $ make test #测试是否make成功 $ make install
帮助文档:perldoc命令
perldoc #会提示用法 perldoc perl #会显示详细用法 perldoc perlfunc #三大模块 perldoc perlop perldoc perlfaq
建议使用浏览器查看本地的HTML文档:
查找索引
正则表达式（/ /、$1、=~、！~）；模式替换（=~ s/ /）；模式匹配规则；修饰符i和全局匹配g；grep函数（搜索数组）
键盘输入（<STDIN>, chomp）；
函数（split、length、join、map、grep）
作用域（my、our、local）
perl版本更新与多版本安装
特殊变量
$_：默认参数，就是当前的默认操作参数，在读文件<FILE>、迭代for （@array）、split / /、print中非常重要
$!：标准错误输出，一般只与or die语句连用
$1：正则表达式模式中第一个括号内的变量，如（.*）、（string），以此类推
@_：sub函数传递的参数数组，
字符串运算符
连接字符串:并置运算符（.）
转义：反斜杠
区分标量和字符串：{}显示指定变量名，如${name}space
重复运算符（x），如“-”x 10
数组、哈希
列表：列表是常量，由圆括号（）创建，中间用逗号隔开
# 范围运算符 @a = (1..10) @b = (1..10, 21..30) @list=(aa..zz);
创建数组：用列表（）创建数组
引用数组：用方括号[ ]下标引用数组
创建哈希：用列表（）创建哈希，为了好看，键值对以=>形式组织；也可以单个创建
引用哈希：用花括号{}引用哈希
数组操作
@name = (1..10); @b = @name[2,4,6]; print "my name is "; print "$#b";
（数值/字符串）比较
数字比较：（==、>、<、>=、<=、!=）
字符串比较：（eq、gt、lt、ge、le、ne）
print用法
print：可以直接接变量$var、@array、%hash，输出的就是不带空格回车，将所有元素连在一起，数组一坨，哈希一坨，其中哈希顺序是乱的。
print：可以带双引号，数组之间有空格，可以分辨了；哈希失效了，没有内容，就显示出%hash。
print：输出到文件时，文件句柄在前，中间是空格（不能是逗号），后面是输出内容
q（）、qq（）、qw（）、qx{}
q（）：用单引号将内容括起来
qq（）：用双引号将内容括起来
qw（）：用单引号将空格隔开的序列组装成数组，会屏蔽里面的标量
# 两者等价，最好不要有内嵌变量 @a = qw(abc def ghi) @b = ('abc','def','ghi')
qx{ }：捕获命令输出
$directory = `dir`; $directory_2 = qx{dir};
正则表达式、模式、替换、匹配规则、grep函数（完）
元字符（简单元字符、转义字符、通配符、字符类、分组和选择、位置通配符）
替换（s/ / /）
修饰符 i 和 全局匹配 g
用于识别输入流中的特定模式，一般是（/ /），m可以省略，$_是默认匹配对象，指定匹配对象用（=~），$1用于取出第一个括号内匹配
#模式里可以有标量变量 $name = "lizhixin"; $surname = "li"; print "yes, $1" if $name =~ /($surname)/;
模式匹配用途有二：1.条件判断，用在if语句里；2.取出匹配上的模式，$1，对其进行操作。
- 默认正则表达式是返回真假，可用于条件判断；
- 如果加入括号（），就可以用$1、$2…访问相应模式，将（）（）（）等赋值给数组；或者用/ /g赋值给数组，选出所有模式种类
模式匹配规则：
- 从左向右依次匹配
- 找到一个匹配项就返回真
- 尽可能多的寻找能够匹配的字符（不代表会全部输出，除非像下面一样指定，默认是输出第一个匹配上的）
#//g能够输出所有的匹配项 $name = "lizhiixiii"; @result = $name =~ /(i+)/g; print "@result";
# i ii iii
圆点（.）：匹配除换行符外的所有单个字符；通常是（*.）连用，匹配所有；（.与其前面的字符无关，可出现在任意位置）
$a="lizhiiiixin"; print "$1" if $a =~ /(i.x)/; # iix
（+）：前面的字符要+（1~N次）（不能没有i，一个i是底线）（必须存在前面的字符）
$a="lizhiiiixin"; print "$1" if $a =~ /(i+x)/; # iiiix
（*）：前面的字符要存在0次或多次（可以没有前面的i）（必须存在前面的字符）
$a="lizhiiiixin"; print "$1 " if $a =~ /(i*x)/; # iiiix print "$1 " if $a =~ /(l*i)/; # li
（？）：前面的字符进行0次或一次匹配（必须存在前面的字符）
$a="l1zhhiixin"; print "$1 " if $a =~ /(hi?)/; # h
{n, m} # n:匹配的最小次数；m：匹配的最大次数
/x{5,10}/ #好理解
/x{9,}/ #最少9次
/x{0,4}/ #0次（不出现），最多9次
/x{8}/ #刚好8次
/first.*last/ #可以匹配所有字符，包括所有
匹配方括号内中的任意字符（括号内的通配符^*等会失去原有的意义）
[abcde] #匹配其中任何一个字符 [a-e] #同上[0-9]+ #顺序匹配一个或多个数字 [A-Za-z]{5} #匹配任何一组5个字母字符[^A-Z] #不匹配A-Z中的任何单个字符
字符类快捷方式
w #一个单词字符，同[a-zA-Z0-9_] W #与w相反 d #一个数字，与[0-9]相同 D #与d相反 s #一个白空间字符，同[ f ] S #与s相反
# 使用字符类快捷方式dw+等 $name = "li12345 zhi xin"; print "$1 " if $name =~ /(d{5})/; print "$1 " if $name =~ /(sw+s)/;
分组和选择（找任意一种模式，或）
print "yes " if (/dogs|cats/); print "yes " if (/(fr|b|fl|cl)og/); ($one, $two) = /(.*)siss(.*)/;
位置通配符
/^Help/ #只匹配Help开头的行 /^one.*two$/ #只匹配one开头和two结尾的行 /^only$/ #只匹配包含only的行 /^$/ #匹配空行 /^/ #匹配非空行
#不匹配 if($a !~ /zi/){ print "not match. "; }
print "yes " if(m/Piglet/); # 如果使用的是斜杠//，那么m可以省略
$_="apple is red"; ($fruit, $color) = /(.*)siss(.*)/;
正则匹配可能会有多种可能的匹配位点，但有时只返回一种最合适的匹配结果，请问这个结果是如何选出来的？（核心问题）
$a = "one fish, two frog, red fred, blue foul"; @F = $a =~ /(fwww)/g;
替换（返回匹配的数量）
$a = "lizhizhixin"; print "$a "; $a =~ s/zhi/xin/; #只替换第一个匹配到的模式 print "$a ";
修饰符（/ /i）与多次匹配（/ /g）
$name = "LiZhixin"; print "yes, $1" if $name =~ /(^li)/i; # yes, Li
$seq = "ATCTGCAATTTCCTA"; $numA = 0; while ($seq =~ /T/g){ $numA++; } print "$numA ";
grep函数（搜索数组，返回匹配元素或者修改匹配元素，条件可以使正则表达式或是其他条件）
@name = qw(li zhi xin); @result = grep(/^[^l]/, @name); print "@result"; # zhi xin
@result = grep(s/i/o/, @name); print "@result"; # lo zho xon
@result = grep(length($_)>2, @name); print "@result"; # zhi xin
函数
标准函数格式：
常用内置函数
split
int(5.20);
length(“nose”);
lc(“ME TOO”);
uc(“hal 9000”);
cos(50);
rand(5)
堆栈操作函数
push（）
pop（）
shift（）：将最后一个元素移走，常用语处理函数参数
unshift（）
命令行
上下文
chomp
chomp是运算符,可以用圆括号,也可以用空格;它会改变参数变量,其返回值是1或0
$a = "lizhiixn "; print $a; print "next "; chomp $a; print $a; print "next";
$b = chomp($a); #极少这么用
perl版本更新与多版本安装
自己做服务器最好用Ubuntu，apt-get用着很方便，版本更新可以用系统自带的软件更新
Linux没有注册表，软件安装相对独立，理论上所有软件都是绿色版，只是稍微需要配置环境变量和软链接
或者安装多个版本，然後修改/usr/bin/perl的symbolic link到/usr/local/bin/perl，软连接的指向问题
tar zxvf perl-5.10.0.tar.gz cd perl-5.10.0 ./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perl # 参数-Dprefix指定安装目录为/usr/local/perl make make test make install
mv /usr/bin/perl/ usr/bin/perl.bak # 替换系统原有的perl ln -s /usr/local/perl/bin/perl/ usr/bin/perl perl –v perl -MCPAN-e shell # 安装一些其它perl模块 #第一次执行的话，会提示安装cpan并要求连接网络下载最新的模块列表.然后就可以安装东西了 cpan> install DBI