DNA microarray分析中，聚类分析（clustering analysis）是非常重要的一步。今天学习了Pan Ning Tan的introduction to data mining ，进行一下总结：
1. 聚类分析的分类
1） 按照是否有层次：
层次聚类（hierarchical clustering)
划分聚类（partitioninng clustering）
2）按照是否依据模型：
non-parameter clustering：没有默认的assumption整个数据集是由哪几种分布mix的
model-based clustering: 基于模型的聚类认为不同的‘类’有不同的‘分布’，同一个类的分布是相同的， 往往采用一种个期望最大化算法（EM）：先设定初始值，然后计算每个对象属于每个分布的概率，得到这些概率后再根据特定公式加权（概率为权重）求出最大化该期望的新的参数估计，直到参数不再改变。
model-based clustering如果恰好fit哪个数据的话，会有更好的performance。
2. 聚类分析的特性
如K-means往往适用于球形的类。假如类的形状是‘月牙’，K-means往往效果不好；
DBSCAN则适用于密度不同的类。同时，DBSCAN不适用于高维数据。
3. 评估聚类的效果
1） 一些参数，如SSE， 凝聚度、分离度； sihouette plot，median split sihouette
2) correlation heatmap: 理想效果是沿对角线呈一块一块
3）重取样（resampling： 如bootstrap）：我们看到cluster后的sample在一块，并不能代表它们之间很稳定，很可能再加上几个sample，它们便不在一起了。通过resampling，看这些sample在一起的概率多少，从而判断聚类的稳定性。