1.目标绩效需要整个公司的制度流程配合
很多企业绩效管理不佳的原因在于没有一个良好的企业文化，以及制度流程的配合，企业一定要有一个远景规划，告诉员工企业的目标是什么，员工个人的目标和任务是什么，从远景怎样变成任务，变成现实，需要与流程制度紧密地结合起来。
2.绩效制度建立了但是执行过程艰难：无法落地
绩效管理是 “ 一把手 ” 工程，没有企业管理者的支持，绩效管理不可能做好。因此，绩效管理执行和应用推广离不开企业管理层的支持。同时，绩效管理的执行过程需要与员工不断的沟通，了解工作进展，纠正错误偏差，按照需要对目标进行修订。
3.目标绩效很难获得真实、正确和及时的数据
维护绩效管理的客观性、公正性和有效性绩效合同的有效履行必须有一整套管理制度和信息系统进行后台支撑。现实中，大多企业的绩效管理体系和员工办公过程是分开进行的，最终导致获得的绩效考核评估的数据偏离实际数据，缺乏真实性、客观性。
4.目标绩效成为员工的一种负担：不断的填写数据表
企业员工的绩效管理体现在员工的日常工作中，而现实中，由于大多企业目标绩效体系与员工业务体系的分离导致目标绩效过程成为不断反复的填表过程，加重了员工的工作负担，降低了工作效率，最终影响企业整体运营目标的实现。关键问题是如何将目标绩效融入到员工日常工作中，将考核结果自动呈现出来。
5.同一指标数据不同的部门反映的数据不同
由于企业各部门之间的业务不同，同一指标数据有不同的数据来源，导致了数据的不一致。在绩效数据的处理和分析转化过程中会产生一定的偏差。
6.目标绩效的执行无法与员工的日常办公结合起来
现实中，大多企业的绩效管理体系和员工日常工作的办公平台是分离的，没有交叉和重叠。而员工的绩效恰恰反映在员工的日常办公过程中，这样最终导致的结果是一方面员工陷入了填表游戏，影响和工作效率，另一方面影响了绩效考核的客观性。
7.具体评价的适合度：缺少客观依据，主观因素太多
在绩效管理的实践过程中，企业的管理者们容易从一个极端走向另一个极端。过去，对于企业和员工的绩效没有评估，依据主观判断为主，人为因素占很大份量。引进绩效管理后，又一味追求指标量化。一套科学的绩效管理体系应当具备合理的量化和非量化的指标分布。
8.无法做到实时监控、及时调整目标绩效体系的运营
大多企业的绩效管理都是以季度或者半年为周期进行，同时在绩效管理的过程中会耗费管理层一定的时间和精力，这样就无法对企业的计划执行和目标实现情况做出实时的分析和反馈，以及时调整目标绩效体系的运营，相反，如果过于频繁的进行目标绩效管理，则会耗费大量的人力和时间，对企业是有百害而无一利的。
9.目标绩效考核如何对重要过程的监控，而不只是结果
绩效管理体系是一个注重结果的体系，同时它也是一个注重过程的管理体系。把绩效考核做为绩效管理，忽视绩效管理其他重要环节的做法是非常危险的。比如目标分解、目标调整、绩效沟通、绩效分析与改进、绩效成绩的运用等，这些环节恰好是绩效管理最重要的过程环节。
10.目标绩效管理必定是全员参与；
我们说，目标绩效管理不仅仅只是人力资源部门的事情，企业各级员工应当扮演不同的角色。企业总经理赞助，支持，推动绩效管理向深入开展；人力资源部经理负责设计绩效管理实施方案，提供有关绩效管理的咨询，组织绩效管理的实施；各部门经理负责执行绩效管理方案，并对员工的绩效提高进行指导，同时对员工的绩效水平进行反馈；员工是绩效管理的主人，拥有绩效并产生绩效。