组蛋白常见修饰及其位置列表

 1. 组蛋白

“核小体”是染色体的基本结构单位。4种组蛋白，各2个组成一个8聚体，DNA链再缠绕上去，就形成核小体了。每个组蛋白肽链都有氮端和碳端两个“尾巴”，这些“尾巴”上的氨基酸可以被加上一些化学基团，即“修饰”。

 2. 有哪些修饰？

按照化学基团来分
乙酰化（赖氨酸上面）、单/双/三甲基化（赖氨酸上面）、磷酸化（丝氨酸上面）

按照对基因的调控来分
抑制型（常是双/三甲基化）、激活型

不同的修饰可能在不同的调控途径中发挥不一样的功能

3. “组蛋白密码”
一个假说，2000年提出。
不同组蛋白、不同氨基酸位点、不同修饰类型可能存在特定的排列组合起到特定的作用。（和密码子有点像）

4. 染色质免疫沉淀（ChIP）
是研究蛋白质—DNA相互作用的实验技术，在这里指的就是组蛋白和DNA。除了应用于表观遗传学研究中，还能应用于转录因子调控机制研究。
原理：先将染色质打断成很小的片段，选择能特异识别并结合某组蛋白某修饰的抗体去吸附染色质片段，最终将组蛋白连同附在上面的DNA一起沉淀下来。由此就可以研究组蛋白（修饰）和DNA（区域）的联系。

5. ChIP-seq
想要研究的组蛋白修饰在设计ChIP实验的时候就知道了，但是捕获下来的DNA片段是否就是我们想要研究的基因还有待分析。因此，对这些捕获下来的DNA片段进行高通量测序是很有必要的。

 

From：https://www.jianshu.com/p/154d268819da

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绿色 = 通常具有转录活性区；

红色 = 通常具有转录抑制区；

黑色 = 其他功能。

Histone mark	Where to find it	Antibody
H3K4me1	Active enhancers	ab176877
H3K4me3	Promoters of active genes, bivalent domains	ab8580
H3K9ac	Active enhancers and promoters	ab177177
H3K27ac	Active enhancers and promoters	ab177178
H3K36me3	Transcribed regions	ab9050
H3K79me2	Transcribed regions	ab177184
H3K9me3	Heterochromatin, satellite repeats, gene-poor regions	ab176916
H3K27me3	Repressed promoters in gene-rich regions, developmental regulators, bivalent domains	ab192985
Gamma H2A.X	DNA double-strand breaks	ab81299
H3S10P	Whole chromosomes in mitosis	ab177218
H4K16ac	Reduced in cancer at repetitive sequences, active genes and enhancers in ESCs. Inhibits formation of high order chromatin structure.	ab109463

（From https://www.abcam.cn/epigenetics/histone-modifications-and-where-to-find-them-2）

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https://www.bilibili.com/video/av86858532?p=22

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