面对大型的开源程序，我们如果要在此基础上修改，二次开发，或者简单的读懂代码。那是非常有难度的。
非常好的是，PHPXref是一个相当好的工具，它能够使你快速读懂代码。这是因为，经过它处理后生成的文档中，你鼠标指针所到之处，它就会显示，这个函数在哪定义，哪些地方用到，包括是不是PHP函数，它都告诉你。对于变量，类也一样，并且，文件清单中，同时把文件中的注解也提取出来，让你一看就知此文件是做什么用的。
当然，它也不是万能的，仍有一项不足，那就是，对于完全面向对象的程序，对象的流程，它是不能表示出来的。比不上ROSE的反向工程功能。
PHPXref网站：http://phpxref.sourceforge.net
PHPXref有不同平台的版本。并且，WINDOWS版本无需安装，更不需要任何第三方组件。解压后，即可运行。使用相当简单，只要将你要分析的源码复制到./source目录中，windows直接运行PHPXref.exe，linux直接运行PHPXref.pl，程序将会分析你的代码，将结果输出到output目录。打开查看即可。