ESearch(文本搜索)
eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?term=lung
所需的参数
DB
数据库中进行搜索。 值必须是有效的Entrez数据库名称 (默认为考研)。
term
Entrez的文字查询。 所有特殊字符必须被URL编码。 空间可以通过“+”号代替。 对于非常长的查询(超过几百个字符),可以考虑使用一个HTTP POST调用。 见考研或Entrez的帮助有关搜索字段说明和标签的信息。 搜索栏和标签都是特定于数据库。
esearch.fcgi?db=pubmed&term=asthma
可选参数 - 历史服务器
usehistory
当usehistory设置为'Y',ESearch将发布从搜索操作到历史服务器所得以便他们可以直接在后续的E-效用呼叫中使用的的UID。 此外,usehistory必须设置为“Y”为ESearch来解释包括在术语或接受WebEnv作为输入查询项值。
WebEnv
从以前的ESearch,EPost或ELINK调用Web环境的字符串返回。 当提供,ESearch将发布搜索操作的结果,以这种预先存在WebEnv,从而将结果追加到现有环境。 此外,提供WebEnv允许在术语中使用的查询键,以便先前搜索集可被组合或限定。 如上所述,如果WebEnv被使用,usehistory必须设置为“Y”。
esearch.fcgi?db=pubmed&term=asthma&WebEnv=<webenvstring>&usehistory=y
query_key
由以前ESearch,EPost或ELINK调用返回整数查询键。 当提供,ESearch会发现由query_key指定的集合的交集与由查询中术语检索到的组(即连接两个用AND)。 为query_key到功能,WebEnv必须分配一个现有WebEnv串和usehistory必须设置为“Y”。
也可以以术语提供数值查询键,如果它们是由一个“#”(23%在URL)preceeded。 而只有一个query_key参数可被提供给ESearch,任何数量的查询键可以在长期进行组合。 此外,如果查询键术语被提供,它们可以使用OR或NOT除了与结合。
以下两个URL是功能上等同的:
esearch.fcgi?db=pubmed&term=asthma&query_key=1&WebEnv= <webenv string>&usehistory=y esearch.fcgi?db=pubmed&term=%231+AND+asthma&WebEnv= <webenv string>&usehistory=y
参数:
retstart
要显示在XML输出在检索到集中的第一个的UID的顺序索引(缺省值= 0,对应于整个组的第一记录)。 这个参数可用于结合retmax下载从搜索检索到的UID的任意子集。
retmax
要显示在XML输出(缺省值= 20),从所检索的设置的UID的总数。 默认情况下,ESearch仅包括在XML输出检索到的第一个20的UID。 如果usehistory设置为'Y',则所检索的集合的剩余部分将被存储在历史服务器上; 否则,这些的UID都将丢失。 增加retmax允许更多的检索的UID被包括在XML输出,最多100,000的记录。 为了获取超过10万的UID,提交多个esearch请求,同时递增retstart的值(参见应用3)。
rettype
检索类型。 有对ESearch 2允许值:“uilist”(默认),其中显示标准XML输出,以及“计数”,其中仅显示<计数>标记。
retmode
检索类型。 确定返回的输出的格式。 默认值是“XML”的ESearch XML,但是“JSON”还支持返回输出JSON格式。
Sort
指定用于排序的ESearch输出的UID的方法。 可用值的变化由数据库 (DB),并可以在一Entrez的搜索结果页面的显示设置菜单中找到。 如果usehistory设置为“Y”,UID将被装载到历史服务器中指定的排序顺序,将检索由ESummary或EFetch的顺序。 示例值是“相关性”和“名称”的基因和“第一+作家”和“酒吧+日期”为考研。 用户应该知道那种的默认值从一个数据库的不同而不同,而且,对于一个给定的数据库使用ESearch的默认值可能不同于NCBI上的网页搜索页面中使用。
Field
搜索栏。 如果使用的话,整个搜索术语将被限制到指定的Entrez字段。 下面的两个网址是等价的:
esearch.fcgi?db=pubmed&term=asthma&field=title esearch.fcgi?db=pubmed&term=asthma[title]
可选参数 - 日期
datetype
日期的类型用于限制搜索范围。 允许值的Entrez数据库之间有所不同,但共同的价值观是'MDAT“(修改日期),”PDAT“(出版日期)和”EDAT“(Entrez的日期)。 一般的Entrez的数据库将只有两个为datetype允许值。
reldate
当reldate被设定为整数 n,搜索将返回只有那些具有通过datetype内的最后n天指明的日期的项目。
为MinDate,的maxDate
时间范围用来限制由datetype指定的日期的搜索结果。 这两个参数( 为MinDate,的maxDate)必须一起使用,以指定一个任意时间范围。 一般格式为YYYY / MM / DD,而这些变体也允许:YYYY,YYYY / MM
ESummary
基本URL
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi
功能
返回文档摘要(DocSums)输入的UID列表
返回DocSums存储的Entrez的历史服务器上的一组的UID
必选参数
DB
数据库从中检索DocSums。 该值必须是有效的Entrez数据库名称 (默认为考研)。
所需的参数 - 仅用于输入来自UID列表
ID
UID列表。 无论是单一的UID或以逗号分隔的UID列表提供了可能。 所有的UID必须来自DB指定的数据库。 没有设置最大为可传递到ESummary,UID的数量,但如果超过约200的UID是要提供,请求应使用HTTP POST方法来制备。
esummary.fcgi?db=protein&id=15718680,157427902,119703751
所需的参数 - 仅用于输入从Entrez的历史服务器
query_key
查询键。 此整数指定哪个连接到给定网络环境在UID列表将被用作输入到ESummary。 查询键是从以前ESearch,EPost或ELINK呼叫的输出端获得。 所述query_key参数必须与WebEnv一起使用。
WebEnv
网络环境下。 此参数指定包含要作为输入提供给ESummary的UID列表中的网络环境。 通常这个WebEnv值从先前的ESearch,EPost或ELINK调用的输出中获得。 所述WebEnv参数必须与query_key一起使用。
esummary.fcgi?db=protein&query_key=<key>&WebEnv=<webenv string>
可选参数 - 检索
retstart
要检索的第一DocSum的顺序索引(缺省= 1,对应于整个组的第一记录)。 这个参数可用于结合retmax从输入集合下载DocSums的任意子集。
retmax
要检索从输入集合DocSums总数,最多10000。 如果总集是比这更大的最大值,retstart的值可以在保持恒定retmax,由此下载的大小retmax分批整个集被迭代。
retmode
检索类型。 确定返回的输出的格式。 默认值是“XML”的ESummary XML,但是“JSON”还支持返回输出JSON格式。
版本
用于指定版本2.0 ESummary XML。 唯一支持的值是“2.0”。 当存在时,ESummary将返回版本2.0 DocSum的XML是唯一的每个的Entrez数据库和通常含有比默认DocSum的XML更多的数据。
示例
PubMed:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=11850928,11482001
PubMed,2.0版的XML:
蛋白质:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=protein&id=28800982,28628843
核苷酸:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=nucleotide&id=28864546,28800981
结构体:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=structure&id=19923,12120
分类:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=taxonomy&id=9913,30521
UniSTS:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=unists&id=254085,254086