使用命令gffread -w test.fa -g GRCh38.primary_assembly.genome.fa test.gff3即可实现。
输入文件test.gff3如下所示：
记住：第三类可以写：transcript, protein, cds。不能写其他的字符，不然提取不了。
得到的输出文件test.fa如下所示：
使用命令gffread -w test.fa -g GRCh38.primary_assembly.genome.fa test.gff3即可实现。
输入文件test.gff3如下所示：
记住：第三类可以写：transcript, protein, cds。不能写其他的字符，不然提取不了。
得到的输出文件test.fa如下所示：
本文来自博客园，作者：橙子牛奶糖（陈文燕），转载请注明原文链接：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/16442529.html