FORGE2：GWAS 的细胞类型特异性分析

给大家安利一款软件FORGE2，全称 Functional element Overlap analysis of the Results of GWAS Experiments version 2。简单来说，就是通过对 GWAS 信号位点和基因组功能调控元件进行富集，找到 GWAS 特异的细胞类型。

该工具提供了网页版和命令行版。

一、网页版

网页版 (网址：https://forge2.altiusinstitute.org/) 的比较简单，只需要输入RS号即可。

得到以下结果：

• 以 DHS 的分析为例，会返回以下三张图表：

SNPs analyzed across samples for erc2−DHS

DMPs in DNase I sites (probably TF sites) in cell lines for erc2-DHS

Interactive table

二、命令行版

1、首先下载、解压 FORGE2

wget https://github.com/charlesbreeze/FORGE2/archive/refs/heads/forge2.v1.0.zip
unzip forge2.v1.0.zip

2、随后安装 perl 以及 perl 需要的依赖包

conda create -n perl #创建perl环境；
conda activate perl #激活perl环境；
conda install -c conda-forge perl #安装perl；
conda install -c bioconda perl-dbd-sqlite #安装perl模块
conda install -c bioconda perl-sort-naturally #安装perl模块
conda install -c bioconda perl-storable #安装perl模块
conda install -c bioconda perl-getopt-long #安装perl模块
conda install -c dan_blanchard perl-config-inifiles #安装perl模块
perl -MCPAN -e 'install Config::IniFiles' #安装perl模块
conda install -c bioconda perl-data-uuid #安装perl模块
perl -MCPAN -e 'install Statistics::Multtest' #安装perl模块

3、安装 R 需要的依赖包

require(devtools)
install_github('ramnathv/rCharts')
install.packages("rjson")

4、下载分析所需要的数据 forge_2.0.db

下载地址：https://forge2.altiusinstitute.org/files/forge_2.0.db

下载后把forge_2.0.db放在文件夹FORGE2-forge2.v1.0/bin下面。

完成以上依赖包的安装后，就可以开始进行富集分析啦。

5、富集分析

富集分析需要的输入文件比较简单，只需要一个输入文件，在这里命名为file（与网页版的输入一样）：

准备好输入文件后，输入如下命令：

eforge.pl -f file -label cwy -dada erc2-DHS

-f 表示输入的文件名；
-label 表示图标题名;
-data 表示分析的数据类型；ENCODE ('encode'), unconsolidated Roadmap Epigenomics data ('erc'), consolidated Roadmap Epigenomics DNase-seq data ('erc2-DHS'), BLUEPRINT data ('blueprint'), Roadmap Epigenomics histone mark data for 'erc2-H3K4me1', 'erc2-H3K9me3', 'erc2-H3K4me3', 'erc2-H3K36me3', or 'erc2-H3K27me3'. FORGE2 also supports analysis across all histone marks ('erc2-H3-all'), and all chromatin states ('erc2-chromatin15state-all')

** 注意事项： ** file 文件必须在 bin 路径下运行

6、可能出现的报错

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/current_repodata.json

解决方法：在终端下 vi ~/.condarc，随后删除-defaults一行

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致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

感谢小可爱们多年来的陪伴， 我与你们一起成长~