• 简单易懂的在线网站datamonkey:支系、基因、位点的选择压力检测


    欢迎来到"bio生物信息"的世界

    今天,为大家带来一个在线网站datamonkey,可以同时检测支系、基因、位点的选择压力。

    datamonkey网址:http://www.datamonkey.org/

    网站长这样:

    该网站接受三种输入模式,分别为NEXUS、PHYLIP、FASTA。

    另外要注意的是:输入文件不接受包含终止密码子的序列文件、不接受不被3整除的序列文件。

    因此分析之前需要先处理好文件,满足网站的要求,不然后续分析,很糟心。

    下面一一解释怎么进行各项检测。

    1 支系的选择压力检测

    支系的选择压力包括两方面,一个是支系的正向选择压力检测,一个是支系的选择压力变化趋势。分别对应着网站的“episodic”和“relaxed”。

    支系的正向选择压力检测“episodic”用到的方法是aBSREL (adaptive Branch-Site Random Effects Likelihood),采用的是“支系-位点”模型,用大白话说就是用这个方法检测某个支系是否受到正向选择

    支系的选择压力变化趋势检测“relaxed”,可以检测某个支系的选择压力变化,是得到放松或者增强。

    与“episodic”的区别在于,“relaxed”是用来检测支系的选择压力变化趋势,而“episodic”是用来检测支系是否受到正向选择。

    如果想检测支系是否受到正向选择,就得采用该网站的“episodic”选项。

    2 基因的选择压力检测

    基因的选择压力检测用到的方法是BUSTED (Branch-site Unrestricted Statistical Test for Episodic Diversification)

    这个方法可以检测选定的支系在基因水平上是否经历了正向选择。

    3 位点的选择压力检测

    位点的选择压力检测有几个方法,分别是MEME (Mixed EffectsModel of Evolution)、FEL (Fixed EffectsLikelihood) uses a maximum-likelihood (ML) 、FUBAR (Fast, UnconstrainedBayesian AppRoximation)、SLAC (Single-Likelihood Ancestor Counting) 。

    每种方法有其各自的优点和局限性。因此进行位点的选择压力检测的时候,需要结合多种方法进行考量。

    这几个方法中,MEME方法检测出正向选择的位点数量是最多的,SLAC检测出的数量是最少的。

    4 各个方法的详细介绍

    各个方法的详细介绍参见链接http://www.datamonkey.org/analyses

    今天就讲到这,祝各位学有所成~

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