对脚本执行漏洞的防范
黑客利用脚本执行漏洞进行攻击的手段是多种多样的，而且是灵活多变的，对此，必须要采用多种防范方法综合的手段，才能有效防止黑客对脚本执行漏洞进行攻击。这里常用的方法方法有以下四种。一是对可执行文件的路径进行预先设定。
可以通过safe_moade_exec_dir来实现;二是对命令参数进行处理，一般用escapeshellarg函数实现;三是用系统自带的函数库来代替外部命令;四是在操作的时候进可能减少使用外部命令。
对全局变量漏洞防范
对于PHP全局变量的漏洞问题，以前的PHP版本存在这样的问题，但是随着PHP版本升级到5.5以后，可以通过对php.ini的设置来实现，设置ruquest_order为GPC。另外在php.ini配置文件中，可以通过对magic_quotes_runtime2881064151进行布尔值设置是否对外部引人的数据中的溢出字符加反斜线。
为了确保网站程序在服务器的任何设置状态下都能运行。可以在整个程序开始的时候用get_magic_quotes_runtime检测设置状态决定是否要手工处理，或者在开始(或不需要自动转义的时候)用set_magic_quotes_runtime(0)关掉。
对文件漏洞的防范
对于PHP文件漏桐可以通过对服务器进行设置和配置来达到防范目的。这里具体的操作如下
一是把PHP代码中的错误提示关闭，这样可以避免黑客通过错误提示获取数据库信息和网页文件物理路径;二是对open_basedir尽心设置，也就是对目录外的文件操作进行禁止处理;这样可以对本地文件或者远程文件起到保护作用，防止它们被攻击，这里还要注意防范Session文件和上载文件的攻击;三是把safe-made设置为开启状态，从而对将要执行的命令进行规范，通过禁止文件上传，可以有效的提高PHP网站的安全系数。