python学习——读取染色体长度（七：读取fasta文件）

读取fasta文件genome_test.fa，并计算染色体总长，同时输出最长染色体编号、序列以及长度

fasta文件genom_test.fa的内容如下：

>chr1
ATATATATAT
>chr2
ATATATATATCGCGCGCGCG
>chr3
ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT
>chr4
ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG
>chr5
ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT

python脚本

#传递命令行参数
import sys # 导入模块

# 从命令行获取文件名称
f_fasta = sys.argv[1]

# 打开文件 open('文件路径')
f = open(f_fasta)

# 逐行读取
total_len = 0
max_chr = ''
max_seq = ''
max_len = 0
# 求总长并输出最长染色体编号、序列以及长度
lines = f.readlines() # 是一个列表
for line in lines:
    #去掉行尾的换行符
    line = line.strip()
    if (line.startswith(">")):
        chr = line
    else:
        chr_len = len(line)
        chr_seq = line
        max_chr = chr
        max_seq = chr_seq
        max_len = chr_len
        total_len += len(line)

# 输出结果
print("total_len = " + str(total_len))    
print("max_chr = " + max_chr)
print("max_seq = " + max_seq)
print("max_len = " + str(max_len))

cmd命令行输入

E:15_pythonDEBUG>python fasta_stat6.py genome_test.fa