长末端重复序列（long terminal repeated，LTR）：反转录病毒的基因组的两端各有一个长末端重复序列(5'—LTR和3'—LTR)，不编码蛋白质，但含有启动子，增强子等调控元件，病毒基因组内的LTR可转移到细胞原癌基因邻近处，使这些原癌基因在LTR强启动子和增强子的作用下被激活，将正常细胞转化为癌细胞。
结构见下图
图中TSD表示target site duplications，红色三角表示LTR motif。A图是一个完整的LTR结构，其中a,b,c是LTR_retriever的分析目标。
第一步，用LTR_FINDER找到基因组的LTR序列
~/opt/biosoft/LTR_Finder/source/ltr_finder -D 20000 -d 1000 -L 700 -l 100 -p 20 -C -M 0.9 Athaliana.fa >Athaliana.finder.scn
这里的-D表示5'和3'LTR之间的最大距离，-d表示5'和3'LTR之间的最小距离，-L表示5'和3'LTR序列的最大长度，-l表示5'和3'LTR序列的最小长度，-p表示完全匹配配对的最小长度，-C表示检测中心粒(centriole)删除高度重复区域，-M表示最小的LTR相似度。如果不知道怎么设置就采用默认值。
第二步运行LTR_retriever根据LTR_FINDER的输出识别LTR-RT，生成非冗余LTR-RT文库，可用于基因组注释
~/opt/biosoft/LTR_retriever/LTR_retriever -threads 4 -genome Athaliana.fa -infinder Athaliana.finder.scn
这里的-infinder表示输入来自于LTR_FINDER，这一步会调用RepeatMasker，而RepeatMasker要求序列ID长度不大于50个字符
参考来源：
https://xuzhougeng.blog.csdn.net/article/details/102804330