参考基因组fasta文件添加index

参考基因组fasta文件添加index

命令一

#faidx index
samtools faidx *.fa

命令二 (投递任务时，500M内存够用)

# bwa index
bwa index -a bwtsw *.fa

命令三

#picard index
java -jar picard.jar CreateSequenceDictionary 
R=*.fa
O=*.dict

这三个命令下来，建立的参考基因组的index够大部分生信流程用