# 管道命令 # 当在两个命令之间设置管道时,管道符|左边命令的输出就变成了右边命令的输入。 # 只要第一个命令向标准输出写入,而第二个命令是从标准输入读取,那么这两个命令就可以形成一个管道。 # 大部分的 Linux 命令都可以用来形成管道。 # 举例: java -jar $picard SamToFastq I=${sample}.umi.uBAM F=/dev/stout ##管道的最开始写stdout# INTERLEAVE=true |bwa mem -p -t $hg19 /dev/stdin ##管道2写stdin## |java -jar $picard MergeBamAlignment UNMAPPED=${sample}.umi.uBAM ALIGNED=/dev/stdin ##管道3写stdin##