一、基础类
1、《Thinking in java》(阅读2遍)，入门第一位是建立正确的概念
2、《Core Java》这本书更贴近实践，更多API的介绍，同样，更新也更频繁。(可以选重点章节读一下)
二、进阶类
1、《Effective Java》(阅读1遍)，在熟悉语法、API之后，你需要知道最佳实践和陷阱，没有比这本更好的。
2、《深入Java虚拟机》(阅读2遍)，翻译一般，但不可不读，最好结合最新的JVM规范来读。
3、《Java Puzzlers》，通过谜题介绍一些你可能没有注意到的边角料，作为趣味读物也不错
三、特定领域
1、并发编程(进程、线程、协程，并发模式)：
（1）《Java Concurrency in Practic》(阅读1遍)，并发领域必读经典。
（2）《Java并发编程：设计原则与模式》，同样是Doug lea的作品。
（3）《java threads》，入门读物。
（4）《Programming Concurrency on the JVM：Mastering Synchronization, STM, and Actors》
（5）《多处理器编程的艺术》(阅读1遍)
2、集合编程（数据结构和算法）：
Collection Framworks/STL,数据结构和算法：《算法概论》 《算法导论》 《计算机编程艺术》
《Java Generics and Collections》
3、网络编程：
（1） O’Reilly的《Java nio》，很多人都推荐，我个人觉的一般，基本上只是个API更详细的说明文档,O’reilly的java系列很多都是这样。
（2）我更推荐这本《Fundamental networking in java》，由浅入深教你怎么做java网络编程，并且介绍很多背景知识，甚至介绍了各种最佳实践、网络编程模型以及Java socket在不同平台之间的差异等等。
（3） Netty
4、web编程
(1) Servlet规范
(2) JSP规范
(3) JavaBean规范
(4) JMS/Java Naming and Directory Interface(JNDI)/JDBC/Java Transaction API(JTA)
(5) Struct2 + Spring + ibatis/hibernate/jdbc/
四、模式与设计
1架构模式、
1、《分析模式——可复用对象模型》
2、《面向模式的软件体系结构》，国内貌似翻译了5卷，绝对经典，可惜翻译较差。
3、《企业应用架构模式》(2遍)
4、《分布式架构：选一本书》
2设计模式
1、《设计模式》，GOF的经典。
2、《设计模式精解》(1遍)，应该有最新版，个人认为更适合入门。
3、《Head first设计模式》，更轻松的入门读物。
4、《Java与模式》
3代码模式/惯例/编码规范
1、《代码大全》(1遍)
4 重构
1、《重构——改善既有代码设计》(1遍),想写好代码必读。
2、《重构与模式》
五、方法论/软件工程
1、《敏捷软件开发》
2、《测试驱动开发》(1遍)，你不一定要TDD，但是你一定要学会做单元测试。
3、《Agile Java》，也可以作为java入门读物。
4、《快速软件开发》
5、《面向对象分析与设计》，OO设计必读。
6、《Unix编程艺术》(1遍)，打开你的眼界。
六、Java之外
1、 《深入理解计算机系统》(0.8遍)
2、 《算法导论》阅读(0.9遍)基本部分阅读，其它参考阅读
3、 OS部分：《深入Linux内核架构》《Linux内核设计与实现》《Linux内核分析与操作系统设计》 《Linux/UNIX系统编程手册》
4、 《TCP/IP详解》(0.8遍)(三卷)、《UNlX环境高级编程》《unix网络编程》(两卷)，学习网络编程必读书。
5、 《C++网络编程》上下两卷，介绍ACE的，但是其中对各种模式运用的介绍非常值的一读。
6、 《计算机程序的构造与解释》，必读
7、 《编译原理》龙书，最新版用java解释，我没有读完，顺便提下。
8、 《数据库概念》
9、 《Joel说软件》编程文化
10、《人月神话》、《人件》(阅读1遍)
11、《卓有成效的程序员》(阅读1遍)，给我很大启发的一本书。
12、《程序员修炼之道》(阅读1遍)
参考:
我的Java学习推荐书目 http://jm-blog.aliapp.com/?p=522
Java开发实用权威书籍集合 http://www.iteye.com/news/21791/
学习JVM的References http://jm-blog.aliapp.com/?p=525
哪本书适合推荐给Java初学者？ http://www.zhihu.com/question/19848946?rf=19752221