YOLO v3 包括Tiny-Yolo 训练自己的数据集（Pytorch版本）以及模型评价指标的介绍

　　最近一直在尝试用pytorch版本的Tiny yolo v3,来训练自己的数据集。为记录下整个过程，在原创博客：https://blog.csdn.net/sinat_27634939/article/details/89884011的基础上，补充了一点东西。

主要流程分为六步：

　　一、数据集制作

　　1、首先，我们要对自己的数据进行标注，使用的工具是labelimg。Iabelimg可以直接网页搜索下载exe，运行使用。也可以在python的环境下，输入命令：pip install labelimg，在conda管理的python环境中安装labelimg，运行方法就是直接在该conda环境下CMD输入labelimg即可运行。labelimg打开后的效果如下图所示。

　　　　

之后，将你的数据集图像所在文件夹设置为Open Dir,新建一个文件夹作为存在Annotation的文件夹，设置为Change Save Dir,标注得到的xml文件格式如下所示。

<annotation>
    <folder>Desktop</folder>
    <filename>BloodImage_00000.jpg</filename>
    <path>/Users/xxx/Desktop/BloodImage_00000.jpg</path>
    <source>
        <database>Unknown</database>
    </source>
    <size>
        <width>640</width>
        <height>480</height>
        <depth>3</depth>
    </size>
    <segmented>0</segmented>
    <object>
        <name>cell</name>
        <pose>Unspecified</pose>
        <truncated>0</truncated>
        <difficult>0</difficult>
        <bndbox>
            <xmin>200</xmin>
            <ymin>337</ymin>
            <xmax>304</xmax>
            <ymax>446</ymax>
        </bndbox>
    </object>
</annotation>

其中，最主要的部分就是bndbox内的，就是我们所标记的人工标注框。

注：在标记数据之前，最好先把图片数据的文件名修改一下，这里放一个我的文件批量重命名代码链接：https://gitee.com/alexbd/rename_file_all

虽然写的文件名是视频文件批量重命名，但是，只要对文件后缀进行修改，就可以对任何文件夹内的同一格式文件进行批量重命名。

二、训练代码

　　YOLO有官方的代码，我们这里采用的是github上的链接：https://github.com/ultralytics/yolov3，git下来。之后建议创建一个专门用于yolo的conda环境，安装pytorch等需要的包，详细见requirements文件。

另外，为了更好的训练，需要安装apex。

　　安装apex方法：

　　1、从该链接：https://github.com/NVIDIA/apex   链接上git到你的电脑上；

　　2、从里面的requirements文件中依次安装需要的依赖包。

　　在你这个yolo的conda环境下，依次执行：

　　

pip install cxxfilt
pip install tqdm
pip install numpy
pip install PyYAML
pip install pytest

　　3、完成后，在apex的根目录下，python运行安装apex命令，

　　

python setup.py install

　　当看到如下图示时，就说明安装apex成功了。

 三、数据预处理

　　 为了能够用clone下来的工程进行训练和预测，我们需要对数据进行处理，以适应相应的接口。

　　

　　1、将细胞数据Annotations和JPEGImages放入data目录下，并新建文件ImageSets，labels，复制JPEGImages，重命名images， 

　　　　

　　2、在根目录下新建makeTxt.py，将数据分成训练集，测试集和验证集，其中比例可以在代码设置，代码如下：

　　

import os
import random
 
trainval_percent = 0.1
train_percent = 0.9
xmlfilepath = 'data/Annotations'
txtsavepath = 'data/ImageSets'
total_xml = os.listdir(xmlfilepath)
 
num = len(total_xml)
list = range(num)
tv = int(num * trainval_percent)
tr = int(tv * train_percent)
trainval = random.sample(list, tv)
train = random.sample(trainval, tr)
 
ftrainval = open('data/ImageSets/trainval.txt', 'w')
ftest = open('data/ImageSets/test.txt', 'w')
ftrain = open('data/ImageSets/train.txt', 'w')
fval = open('data/ImageSets/val.txt', 'w')
 
for i in list:
    name = total_xml[i][:-4] + '
'
    if i in trainval:
        ftrainval.write(name)
        if i in train:
            ftest.write(name)
        else:
            fval.write(name)
    else:
        ftrain.write(name)
 
ftrainval.close()
ftrain.close()
fval.close()
ftest.close()

　　

  在ImageSets得到四个文件，其中我们主要关注的是train.txt，test.txt，val.txt，文件里主要存储图片名称。

3、运行根目录下voc_label.py，得到labels的具体内容以及data目录下的train.txt，test.txt，val.txt，这里的train.txt与之前的区别在于，不仅仅得到文件名，还有文件的具体路径。voc_label.py的代码如下

　　

import xml.etree.ElementTree as ET
import pickle
import os
from os import listdir, getcwd
from os.path import join
 
sets = ['train', 'test','val']
 
classes = ["RBC"]#我们只是检测细胞，因此只有一个类别
 
 
def convert(size, box):
    dw = 1. / size[0]
    dh = 1. / size[1]
    x = (box[0] + box[1]) / 2.0
    y = (box[2] + box[3]) / 2.0
    w = box[1] - box[0]
    h = box[3] - box[2]
    x = x * dw
    w = w * dw
    y = y * dh
    h = h * dh
    return (x, y, w, h)
 
 
def convert_annotation(image_id):
    in_file = open('data/Annotations/%s.xml' % (image_id))
    out_file = open('data/labels/%s.txt' % (image_id), 'w')
    tree = ET.parse(in_file)
    root = tree.getroot()
    size = root.find('size')
    w = int(size.find('width').text)
    h = int(size.find('height').text)
 
    for obj in root.iter('object'):
        difficult = obj.find('difficult').text
        cls = obj.find('name').text
        if cls not in classes or int(difficult) == 1:
            continue
        cls_id = classes.index(cls)
        xmlbox = obj.find('bndbox')
        b = (float(xmlbox.find('xmin').text), float(xmlbox.find('xmax').text), float(xmlbox.find('ymin').text),
             float(xmlbox.find('ymax').text))
        bb = convert((w, h), b)
        out_file.write(str(cls_id) + " " + " ".join([str(a) for a in bb]) + '
')
 
 
wd = getcwd()
print(wd)
for image_set in sets:
    if not os.path.exists('data/labels/'):
        os.makedirs('data/labels/')
    image_ids = open('data/ImageSets/%s.txt' % (image_set)).read().strip().split()
    list_file = open('data/%s.txt' % (image_set), 'w')
    for image_id in image_ids:
        list_file.write('data/images/%s.jpg
' % (image_id))
        convert_annotation(image_id)
    list_file.close()

　　

  labels文件下的具体labels信息　　

　　　　

        data目录下train.txt

　　　　

四、配置文件

　　  1.在data目录下新建rbc.data，配置训练的数据，内容如下

　　　　

classes=1
train=data/train.txt
valid=data/test.txt
names=data/rbc.names
backup=backup/
eval=coco

　　 2.在data目录下新建rbc.names，配置预测的类别，内容如下

　　　　

　　3.网络结构配置，在原工程下cfg目录下有很多的yolov3网络结构，我们本次采用的是yolov3-tiny.cfg

　　　　

　　具体参数的意义可以参考博客YOLOV3实战4：Darknet中cfg文件说明和理解和yolo配置文件的参数说明和reorg层的理解！

因为我们只是估计了一个类，所以需要对cfg文件进行修改，yolov3-tiny.cfg

[net]
# Testing
batch=1
subdivisions=1
# Training
# batch=64
# subdivisions=2
width=416
height=416
channels=3
momentum=0.9
decay=0.0005
angle=0
saturation = 1.5
exposure = 1.5
hue=.1
 
learning_rate=0.001
burn_in=1000
max_batches = 500200
policy=steps
steps=400000,450000
scales=.1,.1
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=16
size=3
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
[maxpool]
size=2
stride=2
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=32
size=3
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
[maxpool]
size=2
stride=2
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=64
size=3
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
[maxpool]
size=2
stride=2
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=128
size=3
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
[maxpool]
size=2
stride=2
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=256
size=3
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
[maxpool]
size=2
stride=2
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=512
size=3
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
[maxpool]
size=2
stride=1
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=1024
size=3
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
###########
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=256
size=1
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=512
size=3
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
[convolutional]
size=1
stride=1
pad=1
filters=18
activation=linear
 
 
 
[yolo]
mask = 3,4,5
anchors = 10,14,  23,27,  37,58,  81,82,  135,169,  344,319
classes=1
num=6
jitter=.3
ignore_thresh = .7
truth_thresh = 1
random=1
 
[route]
layers = -4
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=128
size=1
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
[upsample]
stride=2
 
[route]
layers = -1, 8
 
[convolutional]
batch_normalize=1
filters=256
size=3
stride=1
pad=1
activation=leaky
 
[convolutional]
size=1
stride=1
pad=1
filters=18 #3*(class + 4 + 1)
activation=linear
 
[yolo]
mask = 0,1,2
anchors = 10,14,  23,27,  37,58,  81,82,  135,169,  344,319
classes=1
num=6
jitter=.3
ignore_thresh = .7
truth_thresh = 1
random=1

　　

注：修改的地方主要是filter，因为我们每一个网格就预测3个anchor结果，所以filter =3*（1 + 5）=18

        4.获取官网已经训练好的网络参数yolov3-tiny.weights，下载链接https://pjreddie.com/media/files/yolov3-tiny.weights，导入weights目录下，需要自己创建weights文件夹，由于需要进行fine-tune，所以需要对yolov3-tiny.weights进行改造，因而需要下载官网的代码https://github.com/pjreddie/darknet，运行一下脚本，并将得到的yolov3-tiny.conv.15导入weights目录下，脚本如下

./darknet partial cfg/yolov3-tiny.cfg yolov3-tiny.weights yolov3-tiny.conv.15 15

        这里，直接提供yolov3-tiny.conv.15下载地址。

        如果是其他结构的网络，那么可以参考download_yolov3_weights.sh中的说明，里面有详细的介绍。

五、训练
        一切准备妥当，我们就可以开始训练了，训练脚本如下

python train.py --data data/rbc.data --cfg cfg/yolov3-tiny.cfg --epochs 10 --weights weights/yolov3-tiny.weights

　训练时，可能会有报错：SyntaxError:unexpected character after line continuation character。

报错：SyntaxError: unexpected character after line continuation character的解决方法

        得到训练好的模型best.pt

   　　

        训练结果如下（这里只有10次迭代的结果）

        

六、预测
        我们将得到的模型进行预测，这里代预测的图片我们放在data/samples目录下

 　　　　

        运行以下脚本

python detect.py --name data/rbc.data --cfg cfg/yolov3-tiny.cfg --weights weights/best.pt

注：代码中用的是pt后缀保存权重文件，用.pth也是可以的，只要代码中所有地方都统一。

        得到的结果可以在output目录

 　　　　

        可以看出来效果一般，主要我们的网络结构较简单，同时迭代的次数较少。

知识补充：关于 混淆矩阵、准确率（accuracy）、查准率（精度）（Precision）、查全率（召回率）（recall）、Roc、AUC、和MAP

混淆矩阵

　　对于二分类问题，可将样例根据其真实类别与分类器预测类别的组合划分为:

真正例（true positive）：将一个正例正确判断为正例

假正例（false positive）：将一个反例错误判断为正例

真反例（true negative）：将一个反例正确判断为反例

假反例（false negative）：将一个正例错误判断为反例

令TP、FP、TN、FN分别表示对应的样例数，这四个指标构成了分类结果的混淆矩阵： 

　　　　　　　　　　分类结果混淆矩阵

	正例（预测结果）	反例（预测结果）
正例（真实情况）	TP(真正例)	FN（假反例）
反例（真实情况）	FP(假正例)	TN（真反例）

样例总数 = TP + FP + TN + FN

准确率（accuracy）

　　accuracy = (TP+TN)/TP+FP+TN+FN

　　查准率 = 精度 = precision = TP/(TP+FP) : 模型预测为正类的样本中，真正为正类的样本所占的比例
  查全率 = 召回率 = recall = TP/(TP+FN) : 模型正确预测为正类的样本的数量，占总的正类样本数量的比值
  一般来说，查准率高时，查全率往往偏低；查全率高时，查准率往往偏低。

　　P-R曲线：查准率-查全率曲线：precision为纵轴，recall为横轴

          

    第一种：    若学习器的P-R曲线被另一个学习器完全“包住”，则后者的性能优于前者；
    第二种：    若两个学习器的P-R曲线发生了交叉，可以运用平衡点（Break-Even Point，BEP），即根据在“查准率=查全率”时的取值，判断学习器性能的好坏。
    第三种：    若两个学习器的P-R曲线发生了交叉，亦可以使用F1/F_eta度量，分别表示查准率和查全率的调和平均和加权调和平均。
　　　　　　　　其中，F2分数中，召回率的权重高于准确率，而F0.5分数中，准确率的权重高于召回率。
　　　　　　　　 F_eta的物理意义就是将准确率和召回率这两个分值合并为一个分值，在合并的过程中，召回率的权重是准确率的eta倍。
　　　　　　　　 F1分数认为召回率和准确率同等重要，F2分数认为召回率的重要程度是准确率的2倍，而F0.5分数认为召回率的重要程度是准确率的一半。
    第四种:     若两个学习器的P-R曲线发生了交叉，亦可以使用APMAP：即计算P-R曲线下的面积

　　

 关于mAP转自

作者：AICV
链接：https://www.zhihu.com/question/53405779/answer/993913699
来源：知乎

评价指标 mAP

下面用一个例子说明 AP 和 mAP 的计算

先规定两个公式，一个是 Precision，一个是 Recall，这两个公式同上面的一样，我们把它们扩展开来，用另外一种形式进行展示，其中 all detctions 代表所有预测框的数量， all ground truths 代表所有 GT 的数量。

AP 是计算某一类 P-R 曲线下的面积，mAP 则是计算所有类别 P-R 曲线下面积的平均值。

假设我们有 7 张图片（Images1-Image7），这些图片有 15 个目标（绿色的框，GT 的数量，上文提及的 all ground truths）以及 24 个预测边框（红色的框，A-Y 编号表示，并且有一个置信度值）

根据上图以及说明，我们可以列出以下表格，其中 Images 代表图片的编号，Detections 代表预测边框的编号，Confidences 代表预测边框的置信度，TP or FP 代表预测的边框是标记为 TP 还是 FP（认为预测边框与 GT 的 IOU 值大于等于 0.3 就标记为 TP；若一个 GT 有多个预测边框，则认为 IOU 最大且大于等于 0.3 的预测框标记为 TP，其他的标记为 FP，即一个 GT 只能有一个预测框标记为 TP），这里的 0.3 是随机取的一个值。

通过上表，我们可以绘制出 P-R 曲线（因为 AP 就是 P-R 曲线下面的面积），但是在此之前我们需要计算出 P-R 曲线上各个点的坐标，根据置信度从大到小排序所有的预测框，然后就可以计算 Precision 和 Recall 的值，见下表。（需要记住一个叫累加的概念，就是下图的 ACC TP 和 ACC FP）

• 标号为 1 的 Precision 和 Recall 的计算方式：Precision=TP/(TP+FP)=1/(1+0)=1，Recall=TP/(TP+FN)=TP/(all ground truths)=1/15=0.0666 （all ground truths 上面有定义过了）
• 标号 2：Precision=TP/(TP+FP)=1/(1+1)=0.5，Recall=TP/(TP+FN)=TP/(all ground truths)=1/15=0.0666
• 标号 3：Precision=TP/(TP+FP)=2/(2+1)=0.6666，Recall=TP/(TP+FN)=TP/(all ground truths)=2/15=0.1333
• 其他的依次类推

然后就可以绘制出 P-R 曲线

 

得到 P-R 曲线就可以计算 AP（P-R 曲线下的面积），要计算 P-R 下方的面积，一般使用的是插值的方法，取 11 个点 [0, 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1] 的插值所得

 

得到一个类别的 AP 结果如下：

要计算 mAP，就把所有类别的 AP 计算出来，然后求取平均即可。