GO官网：http://geneontology.org/docs/ontology-documentation/
先说Ontology的含义：
Ontology：某领域内的知识的正式、规范的描述。它通常由一些class/term/concept之间的关系组成。
Gene Ontology主要描述了biological domain的三个方面（即3个ontologies）的知识：
Molecular Function（分子功能）：
该term描述分子水平上的活动（这些活动有gene products执行），比如，催化、转运。该term描述的是activity，而不是entity（如：分子、复合体）。
一般情况下，该term描述单个基因产物（如，a protein/RNA）产生的activity，但是，有一些activity也是多个基因产物组成的复合体执行的。比如，broad functional term: catalytic activity催化活性，transporter activity转运活性，narrow functional term: adenylate cyclase activity腺苷酸环化酶活性 or Toll-like receptor bindingToll样受体结合。
为了区分该term与基因产物，该term一般用“..activity”字样。比如：蛋白激酶产物在该term中被记为蛋白激酶活性。
Cellular Component（细胞组件）：
该term描述基因产物行使功能的位置，比如，细胞内的一个部分（如线粒体）、大分子复合物（如ribosome核糖体）。
Biological Process（生物学过程）：
该term描述多个molecular activity完成的larger processes、biological program，比如，DNA repair、signal transduction。更具体的term是：pyrimidine nucleobase biosynthetic process嘧啶碱基合成过程、glucose transmembrane transport葡萄糖跨膜转运。
注意：一个BP过程不代表一个pathway。GO不用BP过程来描述整个pathway。
举例：
基因产物“cytochrome c细胞色素C”，它的MP是“oxidoreductase activity氧化还原酶活性”、BP过程是“oxidative phosphorylation氧化磷酸化”、CC是“mitochondrial matrix线粒体基质“。
这三个ontologies的关系：
1. GO有三个ontologies，而不是一个。每个ontology都有一个root term。这三个ontology的root term不相关、不重叠。
这三个ontologies之间不存在 is a的关系。它们之间存在part of或者regulate的关系。比如，MF term ‘cyclin-dependent protein kinase activity’ 是BP ‘cell cycle’的一部分。
GO不区分物种。
GO classes，也叫GO terms。
为什么注释时通常只选BP过程呢？为什么不选MP呢？
答：个人理解MP是单个分子的功能，BP过程更有意义吧。